☰

RDkit 的更新

tag-icon • tag-icon updates python
RDkit 的更新

我按照以下说明安装了 RDkit网站使用以下代码行，

sudo apt-get install python-rdkit librdkit1 rdkit-data

但是当我使用以下代码（在 python 中）检查版本时，按照此说明进行操作网页

>>> import rdkit
>>> from rdkit import rdBase
>>> rdBase.rdkitVersion
'2013.09.1'

我没有获得最新版本。

我该如何更新此版本，是在 ubuntu 的命令行中还是在 python 中？

系统详细信息

>>> import sys
>>> print(sys.version)
2.7.6 (default, Nov 23 2017, 15:49:48) 
[GCC 4.8.4]

和 Ubuntu

lsb_release -a
No LSB modules are available.
Distributor ID: Ubuntu
Description:    Ubuntu 14.04.5 LTS
Release:    14.04
Codename:   trusty

附言：如果你感兴趣的话，我想运行一段名为采取基本步骤

答案1

要更新 RDKit，您必须从源代码编译它。这似乎并不是一件容易的事。

话虽如此，我已经rdkit从 Ubuntu Bionic（正在开发中，但这是 Debian 的最新版本）获取了源代码，并通过 PPA 将其反向移植到 Trusty 和 Xenial。

您可以执行以下操作来安装更新版本python-rdkit（我仍在努力使此软件包适应最新的 RDKit，但我不能保证我会提供持续的更新）：

sudo apt-get remove python-rdkit
sudo apt-get autoremove
sudo add-apt-repository ppa:teward/python-rdkit
sudo apt-get update
sudo apt-get install python-rdkit

虽然这也会清除其他过时的软件包等，但它应该会安装较新版本的 RDkit（从 2016 年 3 月开始）。

（我仍在努力寻找是否有更新的 RDKit 包……）

答案2

如果我使用以下方式搜索 rdkit

apt search rdkit

我得到了“python-rdkit/xenial 201503-3 amd64”作为其中一个条目。版本号显示为 201503-3。

我刚刚尝试像你一样通过运行来安装它

sudo apt install python-rdkit

当我导入并检查版本时：

>>> rdkit.rdBase.rdkitVersion
'2015.03.1'

这至少比你的版本更新，所以也许尝试重新安装？

另请注意，这是针对 python 2.7.12 的

相关内容