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无法配置或安装 samtools 0.1.19

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无法配置或安装 samtools 0.1.19

我需要安装特定版本的 samtools (0.1.19)（位于https://sourceforge.net/projects/samtools/）。

./configure 返回“没有这样的文件......” make 正常工作（据我所知） sudo make install 返回“make：*** 没有规则来制作目标‘install’。停止。”

不同版本都可以正常工作。我完全不知所措，自述文件没有提供任何帮助，而且我不够聪明，无法检测到 makefile 中的任何问题。经过数小时的失败尝试后，任何帮助都将不胜感激...

答案1

实际上您不需要自己编译这个应用程序。

它已打包在所有当前支持的版本中宇宙口袋。
您可以使用以下命令添加此口袋（如果未启用）：

sudo add-apt-repository universe

然后你可以简单地安装它：

sudo apt-get install samtools

如果您确实想要编译samtools，那么您不需要运行./configure脚本（因为它不存在），只需使用make：

cd ~/Downloads
wget https://vorboss.dl.sourceforge.net/project/samtools/samtools/0.1.19/samtools-0.1.19.tar.bz2
tar -xf samtools-0.1.19.tar.bz2
cd samtools-0.1.19
make

你将获得：

$ ./samtools 

Program: samtools (Tools for alignments in the SAM format)
Version: 0.1.19-44428cd

Usage:   samtools <command> [options]

Command: view        SAM<->BAM conversion
         sort        sort alignment file
         mpileup     multi-way pileup
         depth       compute the depth
         faidx       index/extract FASTA
         tview       text alignment viewer
         index       index alignment
         idxstats    BAM index stats (r595 or later)
         fixmate     fix mate information
         flagstat    simple stats
         calmd       recalculate MD/NM tags and '=' bases
         merge       merge sorted alignments
         rmdup       remove PCR duplicates
         reheader    replace BAM header
         cat         concatenate BAMs
         bedcov      read depth per BED region
         targetcut   cut fosmid regions (for fosmid pool only)
         phase       phase heterozygotes
         bamshuf     shuffle and group alignments by name

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