我想使用最新版本的 fastqc 进行 RNA-seq 数据分析。我使用了
sudo apt install fastqc
并获得了 FastQC v0.11.5。但是，我想使用最新版本的 FastQC v0.11.9，因为之前的版本忽略了超过 500 个图块。我尝试安装并从下载链接解压文件夹https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/
Ubuntu 仍然只支持旧版本。我在 Windows 10 上使用 Ubuntu 18.04.2 LTS。您能否建议一个命令来安装 FastQC v0.11.9 并使用最新版本运行分析？谢谢。
答案1
使用 删除旧版本的 fastqc 后apt purge fastqc，我下载了最新版本的文件夹，并将文件解压到我的用户文件夹中。为了让 Ubuntu 可以识别它，我使用以下方法将 FastQC 目录设置为 PATH 中的目录：
export PATH=$PATH:/mnt/c/Users/shivani/fastqc_v0.11.9/FastQC
并检查了版本
fastqc --version
唯一的缺点是每次启动 Ubuntu 时，我都必须在 PATH 中设置 FastQC 才能使其可访问。