使用

使用

以下代码返回:附近语法错误(

#!/bin/bash
myprogram -i <(gunzip -c file.gz) -j <(gunzip -c file2.gz)

看来它不喜欢括号。我怎样才能让这个脚本工作?如果我在 Linux shell 上运行相同的命令,它就可以工作。当我尝试使用其中的命令运行脚本时,它失败了。我需要保护支架吗?

在脚本(命令行)之外工作的确切命令行是:

 kaiju -z 1 -a greedy -m 5 -s 70 -x \
   -t /db/kaiju/nodes.dmp -f /db/kaiju/kaiju_db_nr_euk.fmi \
   -i <(gunzip -c files/mapped_reads_to_extracted_marker_genes/1/1.1.1.bin.13.genes.fa.R1.fq.gz) \
   -j <(gunzip -c files/mapped_reads_to_extracted_marker_genes/1/1.1.1.bin.13.genes.fa.R2.fq.gz)

抱歉排了很长的队(kaiju 是生物信息学的开源程序)。在脚本内部,它失败并出现上述错误

bash --version
GNU bash, version 4.1.2(1)-release (x86_64-redhat-linux-gnu)
Copyright (C) 2009 Free Software Foundation, Inc.
License GPLv3+: GNU GPL version 3 or later <http://gnu.org/licenses/gpl.html>

我运行脚本的方式是./script.shor bash script.sh。我chmod +x也运行过这个脚本。知道应该怎么写吗?

相关内容