我的情况比较特殊。我并没有尝试对驱动器进行分区或做其他事情，我有分别用于 Windows 和 Linux 的物理驱动器。作为一台新机器，我有 UEFI。
上次我尝试安装 Ubuntu 12.04 时，它运行良好，但它破坏了我的 Windows 安装。更改了驱动器的格式或类似的东西，弄乱了 MBR。这是 6 个月前的事了，很抱歉缺乏技术洞察力——我的记忆有点偏差。重新安装 Windows 浪费了很多时间，我放弃了一段时间。
现在我正在再次尝试（在 12.10 之后发生了技术灾难，Unity 反复崩溃等等），但我目前已断开 Windows 驱动器的连接，因此我的 Ubuntu 安装不会搞砸它。
我认为我未来的引导加载将涉及选择从哪个驱动器启动，但我担心 GRUB 可能会在我从 Windows 驱动器启动时自行处理它。有什么方法可以确保我的 Windows 分区不会再次损坏？上次重新安装所有内容花了一天多的时间，这次我怀疑会花更长时间。
另一方面，每当我想切换操作系统时，我真的不想亲自拔下和重新插入驱动器。选择驱动器很奇怪，但我至少可以忍受这一点……
答案1
在双启动配置中，保证一个操作系统不会损坏另一个操作系统的唯一方法是将操作系统放在物理上独立的驱动器上，然后断开/重新连接它们，以防止它们共存。不过，我预计这种配置中静电放电或物理损伤造成的损坏风险将远远超过软件损坏的风险。
您可以通过在虚拟机（VirtualBox、QEMU、VMWare 等）中安装一个操作系统来实现中等级别的安全性。这样，除非您授予客户操作系统低级磁盘访问权限，否则客户操作系统不太可能对主机操作系统造成严重损害。不过，只需删除一个文件，就可能毁掉整个客户操作系统。
您对原始问题的描述太过模糊，无法对发生的事情提供意见。不过，一般来说，Linux 发行版（包括 Ubuntu）与其他操作系统共存相当好。当然，事故可能发生，但通常是由于用户错误而不是操作系统失控造成的。
请注意，基于 EFI 的安装使用与基于 BIOS 的安装不同的引导加载程序定位和使用规则。目前，Linux 上存在许多与 EFI 相关的问题，这既是由于固件错误，也是由于 Linux 发行版对 EFI 的支持不成熟。不过，这些问题更有可能导致启动问题，而不是数据丢失。
答案2
我不清楚您目前拥有什么以及想要实现什么。您有一台支持 UEFI 的机器和 2 个硬盘。到目前为止一切顺利。但是机器的制造商和型号名称是什么（有些制造商有奇怪的临时解决方案)？您安装了哪个版本的 Windows？它真的以 UEFI 模式启动吗？您的 Windows 硬盘驱动器是否有正确的 GPT UEFI 分区表？如果你有 Windows 8，你应该禁用快速启动如果您想确定的话，可能不会从 Linux 内部写入文件系统。
如果您的 Windows 分区确实具有传统的 MBR 布局并且未在 UEFI 模式下启动，那么您也可以在传统 MBR 模式下安装 Linux，并在启动时选择要启动的驱动器，或者您可以在 UEFI 模式下安装（您必须在 UEFI 模式下启动安装介质）并选择在您选择的驱动器上放置完整的 UEFI 设置（EFI 系统分区、grub 的 EFI 加载器以及在固件中注册 grub 加载器）。
总而言之，双启动传统 MBR 设置不会因为 UEFI 固件在设备中运行而改变。在保持传统模式的情况下，安装到单独的驱动器甚至更安全。
我想补充一点，我去年 6 月买了一台支持 UEFI 的新笔记本电脑，也安装了传统布局。从 Ubuntu 的 GRUB 引导加载程序以 UEFI 模式启动传统 Windows 安装如果操作正确，则无需移除驱动器或调出 BIOS/固件启动菜单。
这来自社区文档的 UEFI 文章上面的评论似乎是一个很好的起点。
笔记：
- 在尝试以 UEFI 模式安装 Linux 之前，您应该先检查您的机器是否存在已知的 UEFI 问题。
- 了解上次您尝试安装 Ubuntu 时出了什么问题将会很有趣。