如何在 for 循环中 cat

Question

我有 500 个文件夹，每个文件夹包含许多 *_1.fastq.gz 和 *_2.fastq.gz 文件。

我想要：

cat *_1.fastq.gz > Combined *_1.fastq.gz & cat *_2.fastq.gz > Combined_2.fastq.gz

每个文件夹。

我该如何实现这一点？我想学习一些 bash，我对 python 很熟悉

Answer 1

for i in {1..2} ; do cat *_$i.fastq.gz >>Combined_$i.fastq.gz ; done

这可能不会很好地工作，因为连接 gzip 文件；我想你会更喜欢使用zcat *_$i.fastq.gz >>Combined_$i.fastq& 然后 gzip；或者更好的是，简单地放弃 cat & 的想法，这样做：

for i in {1..2} ; do tar -c *_$i.fastq.gz >Combined_$i.fastq.gz.tar; done

每个文件夹 - 然后要递归文件夹，只需将上面的行括在另一个循环中，然后从顶级文件夹运行它：

for f in *; do
  pushd . ; cd $f
      for i in {1..2} ; do tar -c *_$i.fastq.gz >Combined_$i.fastq.gz.tar; done
  popd
done

所以在这里，循环索引 $f 选择每个文件夹；保存您的位置；cd 到该文件夹​​；执行循环；返回原始目录并再次循环。

pushd / popd 可以确保错误不会导致您漫游文件系统！不是绝对必要的，但学习起来很有用。

Answer 2

这不是学习 bash 的好例子，但最简单的方法是：

zcat *_1.fastq.gz | gzip > Combined_1.fastq.gz &
zcat *_2.fastq.gz | gzip > Combined_2.fastq.gz

使用循环：

for f in *_1.fastq.gz; do
    zcat "$f"
done | gzip > Combined_1.fastq.gz

笔记

• 你迭代 glob 模式的结果——不要试图解析ls（http://mywiki.wooledge.org/ParsingLs）
• "$variables"当你需要价值时引用你
• 您可以重定向或管道传输整个 for 或 while 循环的输出。

Answer 3

你需要类似的东西

for d in */
    do cd $d && cat *_1.fastq.gz > Combined_1.fastq.gz && cat *_2.fastq.gz > Combined_2.fastq.gz
done