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用于匹配重复的两个字母模式的正则表达式 (grep)

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用于匹配重复的两个字母模式的正则表达式 (grep)

我想使用与文本文件中的模式“ATATAT”（任意长度）和/或“GCCGCCGCC”（同样任意长度）匹配的正则表达式。我只有四个选项，其中一个应该可以工作，但我已经在包含这些模式的文本文件上多次尝试了所有这些选项。但是下面的任何代码要么不返回任何内容，要么最终出现错误：“grep：无效的反向引用”。也许我根本不应该使用 grep ？

  • [ATGC]{2,}
  • ([ATGC]{2,})\1+
  • ([ATGC]{2,}){2,}
  • ([ATGC])\1+

主要是，我使用的代码如下：

grep 'one_of_the_patterns_above' DNA_sequence_file.fasta

该文件看起来像这样：

>sampled sequence 1 consisting of 500 bases.
GCAAAGTAGCCGAGGTCAGGGCATGTCAATGATAGCGCGAAAAGGTCACCACGAGAAGCG
GCACTCGGCCACGGATTGGTGGCACTTCATATGGAAACGCGACGACCGATAAAAACACAA
CGAAACCCAATTGGAATGAGATTTTCCTGAAACCGCAGCGAACCCAACCAAGCGGGAATA
AAGTCGGGAAGTCTAAACGAGATTAGCAGAATCCACCTCAGAATGACTGATGCCATGTAG
GCGCAGCAATAGATTACCGAAAGAGAAACACAGCAACGGATACATACAACTCAAGGGAAG
AGCACCTTTCGCTGAGAGGAGACGCCTTACAAACTATCCAGGGGTTTGAACAAGACAGGT
CGAAAAGCGGCCCTCTTCACAACCAGGTCAAGCGCGACTCGAGACAAGTATTCCCAAAGT
CCAAAAAAGAATCCTACAGAATCCCATCAAAGCATTTGTAGAAAGACATGGCCTACCAGC
TGCGCAAAGGACACATTACC

答案1

看起来您想要匹配“AT”重复至少两次，或者在您的另一个示例中，“GCC”重复至少两次。这些分别是：

(AT){2,}
(GCC){2,}

请注意，您必须使用grep -E这些模式来匹配。 （正则表达式没有一个单一、一致的语法可以在不同的工具中以相同的方式工作，因此您可能必须根据最终使用的工具进行调整。）

答案2

所有模式都很糟糕，它们以任何顺序匹配任何 ATGC。正确的正则表达式是：

^((AT)*|(GCC)*)$

这是按照你写的做的。

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