我想编辑一个名为trial.fastq以下格式的文件：
@NAME123.15.1 15 length=151
GTAGCNTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATTTTCC
+NAME123.15.1 15 length=151
AAABB#>>AABDGCEGGGFGGGHHHGGGFHHGHH
@NAME123.14.1 14 length=150
TTCGCNTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCC
+NAME123.14.1 14 length=150
ABBBB#>>ABBBGGGGGEGGGGHDGFFFHHGHHH
我想将格式更改为：
@Inst:1:FID:LANE:TILE:15:Y 1:Y:0:NAME123
+GTAGCNTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATTTTCC
@Inst:1:FID:LANE:TILE:14:Y 1:Y:0:NAME123
+TTCGCNTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCC
我尝试过多种格式，sed包括：
sed -i -E 's/@(\w+).(\d+).(\d)\s\d+\slength=\d+\n.*/@Inst:1:FID:LANE:TILE:\2:Y \3:Y:0:\1\n/g' trial.fastq > trial_new.fastq
我通过复制 TextWrangler 查找和替换 grep 搜索找到了它。也：
sed -e 's/\(@\w\).\(\d..+\).\(\d\)\s\d..*\slength\=\d..*\n.*$(\w..*)\(.*\)$\+.*$.*$/@Inst\:1\:FID\:LANE\:TILE\:\2\:Y \3\:Y\:0\:\1\n\4/g' trial.fastq
我很确定我的处理方式是错误的。有人可以帮助我了解我做错了什么以及如何解决这个问题吗？
答案1
我希望我正确理解你想要的输出！
$ sed -nr '/#/d;s/@([^\.]+)[^ ]+ ([0-9]+) .*/@Inst:1:FID:LANE:TILE:\2:Y 1:Y:0:\1/p;s/^[A-Z]/\+&/p' file
@Inst:1:FID:LANE:TILE:15:Y 1:Y:0:NAME123
+GTAGCNTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATTTTCC
@Inst:1:FID:LANE:TILE:14:Y 1:Y:0:NAME123
+TTCGCNTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCC
解释
-n在我们要求之前不要打印-r使用ERE/#/d删除行#([^\.]+) save some characters that are not.` 稍后[^ ]+ ([0-9]+) .*在空格之间保存一些数字\1反向引用替换中保存的模式;分隔命令，就像在 shell 中一样s/^[A-Z]/\+&/将以大写字母开头的行替换为前缀+p打印我们处理过的行
-i如果您想就地编辑文件，请使用该标志，在测试输出是否是您想要的之后（使用 重复该命令sed -nri ....）