有哪些免费的与 Ubuntu 兼容的软件可以用于生物蛋白质和肽的 3D 可视化?

有哪些免费的与 Ubuntu 兼容的软件可以用于生物蛋白质和肽的 3D 可视化?

有哪些免费的 Ubuntu 兼容软件可用于生物蛋白质和肽的 3D 可视化?我问了这个问题https://chemistry.stackexchange.com/questions/4543/what-free-linux-compatible-software-exists-for-the-3d-virtualisation-of-biologic?但它被关闭了,因为它是软件推荐,与化学 stackexchange 无关,但我认为它不会与这里无关。如果相关的话,我正在运行 32 位 12.10。

答案1

查看杰莫尔。它是开源的,基于 Java - 因此它可以在 Windows、Mac 和 Linux 上运行。我刚刚花了 20 分钟在立体 3D 中查看 ATP 的超级模型和其他分子列表!

答案2

我在问了这个问题几个小时后自己才明白过来

有几种适用于此类建模的软件可以在 Ubuntu 上运行,包括:

  • 阿伏伽德罗(下载页面阿伏伽德罗文献 [以 wiki 形式提供]。您可以从软件中心下载 Avogadro,但它是过时的版本。)
  • 摩尔(您可以从软件中心下载 Jmol,但这是一个过时的版本。该软件以 zip 文件的形式提供,可从给出的链接下载,解压此文件,然后进入解压后创建的目录,右键单击 jmol.sh 文件,进入权限并单击(并勾选)“允许将文件作为程序执行”旁边的框)
  • 马文维尤(此链接将带您进入下载 MarvinBeans 的页面,这是 ChemAxon 的一套化学建模软件包,其中包括 MarvinView。您需要登录才能下载 MarvinView,但您可以免费创建此帐户并免费下载和使用 MarvinView 及其大部分功能)
  • 拉斯莫尔(该软件很少更新 [最新稳定版本是 2009 年 7 月 17 日] 但似乎具有许多基本功能)

我个人的偏好是 Jmol 或 MarvinView。

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