编辑和解决方案
因为我原来的问题措辞很糟糕，而且我试图重新发明轮子，所以我现在正在回答我自己的问题（也许它对其他人有帮助）：
gff2fasta 是一个完全满足我需要的工具，即从完整基因组中提取给定的 DNA 片段（fasta 格式的巨大文件，称为 FULLGENOME.fasta）。
如果我知道我想要的片段在哪里，我可以创建一个名为 TEST.gff 的文件，在其中指定 gff2fasta 片段的脚手架（此处：sca_5_chr5_3_0）以及开头（此处：2390621）和结尾（此处：2391041），例如：
sca_5_chr5_3_0 JGI CDS 2390621 2391041 . + 0 name "e_gw1.5.88.1"; proteinId 40463;
然后我只需要运行
gff2fasta.pl -gff TEST.gff -fasta FULLGENOME.fasta -out test
然后 gff2fasta 将从 TEST.gff 获取信息并在名为 test 的文件中输出我想要的位，该文件如下所示：
>sca_5_chr5_3_0_2390621_2391041_F
ATGACGACCCGCGCACCCAAAGACACATACGCTCAGCCCGACTATGAGGAGGCTCACCTAGCGACGTTTGCAGCCCCAAA
AGGCTACCCTATCGAGTCTATGCTACCCCCTAGCGTGAAGAGGGAGACCTTTGAACAGGCCCTAGCCGAGTTTACCGACG
CTATCGGCAAAGATTATGTCTTTATCGGCGATGCTCTCTCTCACTACATCGATCCCTACGACATCTATATCGATGATAGT
GAGAGAAGGAGGATGCCGAGCGCGGCTGTTTGGTACGTAACGCGGCACCCATCGAAACCTAGCAGCACTGACAAGTTTCC
GCGTCTAGTCCCTCTTCGCTCGAGGAAGCTAAGCAGGCTCTCAAGGTTGCGAACAAATACGGCATTCCGATCTGGGCATT
TTCCAGAGGCAAGAACCTGGG
感谢 terdon 和其他人的帮助！
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这是该问题的延续，包含更多信息和细节unix：获取文件中的第10到80个字符
我想我已经快到了，但仍然需要一些帮助。
我试图尽可能清楚地解释它，但我知道这是一个非常专业的问题，所以请让我知道我是否可以进一步澄清一些事情！
我拥有的是三个文件：
管理员注意：可以上传文件吗？我不知道如何...
一文件(N_haematococca_1.fasta) 我需要从中提取一个名称：
head -1 N_haematococca_1.fasta | cut -f4 -d'|'
在本例中这个名称是：
e_gw1.5.88.1
问题 1：上面的代码工作正常，但我在将名称 (e_gw1.5.88.1) 保存在以后可以使用的变量中时遇到问题...
我想将该名称保存在一个变量中，我们称之为：
firstline
A第二文件（Necha2_best_models.gff），我想要该名称出现的所有行：
grep -ir "e_gw1.5.88.1" --include="Necha2*.gff" > Necha2_in_genome.list
但对于命名变量：
grep -ir $firstline --include="Necha2*.gff" > Necha2_in_genome.list
这适用于使用“e_gw1.5.88.1”...
我在这里创建的文件告诉我要剪切的 DNA 片段的名称 (sca_5_chr5_3_0) 以及我需要其中的哪一部分（从字符号 2390621 到字符号 2392655）。我需要这些信息才能从第三个文件中获取正确的位
a=(`awk -F '\t' '{print $4}' Necha2_in_genome.list`)
startDNA=${a[1]}
endDNA=${a[${#a[@]}-1]}
#add 1000 or other number, depending on the problems with the gene
correctedstartDNA=$(($startDNA-1000))
correctedendDNA=$(($endDNA-1000))
在一个第三在本例中，我想从中剪切关键字（sca_5_chr5_3_0）后的某些部分：
感谢 Kamaraj 和 hschou，我现在对此有了部分解决方案：
cat Necha2_scaffolds.fasta | sed -n -e '/sca_5_chr5_3_0/,$p' | grep -v '^>' | tr -d '\n'|awk -v start="${correctedstartDNA}" -v end="${correctedendDNA}" '{print substr($0,start,end)}' RS= Necha2_scaffolds.fasta
但是，如果我用较小的数字进行调试：
cat Necha2_scaffolds.fasta | sed -n -e '/sca_5_chr5_3_0/,$p' | grep -v '^>' | tr -d '\n'|awk -v start=10 -v end=20 '{print substr($0,start,end)}' RS= Necha2_scaffolds.fasta
我得到这个输出：
r1_1_0
CCTTATCCTAGCG
nmapped
CTTATATATTAT
nmapped
TAAAAGGAGTTA
unmapped
TCTTATATAAA
unmapped
AATCTTAAGAA
看来 RS 选项被忽略，它只打印某些行的字符 10 到 20。我不知道为什么选择这些行。
sca_5_chr5_3_0
仅在文件中出现一次。
还有其他名字
>sca_66_unmapped
>sca_67_unmapped
ETC
我必须从 178 个基因组中获取这些信息，它们都是巨大的文件，手动搜索不是一个选择。
文件看起来如何：
N_haematococca_1.fasta（文件1）是一个普通的fasta文件：
>jgi|Necha2|40463|e_gw1.5.88.1
MTTRAPKDTYAQPDYEEAHLATFAAPKGYPIESMLPPSVKRETFEQALAEFTDAIGKDYVFIGDALSHYI
DPYDIYIDDSERRRMPSAAVCPSSLEEAKQALKVANKYGIPIWAFSRGKNLGYGGPSARVNGSVAFDLHR
Necha2_best_models.gff（文件 2）看起来像这样（只是更长）：
sca_5_chr5_3_0 JGI exon 2390621 2390892 . + . name "e_gw1.5.88.1"; transcriptId 40463
sca_5_chr5_3_0 JGI CDS 2390621 2390892 . + 0 name "e_gw1.5.88.1"; proteinId 40463; exonNumber 1
sca_5_chr5_3_0 JGI start_codon 2390621 2390623 . + 0 name "e_gw1.5.88.1"
sca_5_chr5_3_0 JGI exon 2390949 2391041 . + . name "e_gw1.5.88.1"; transcriptId 40463
sca_5_chr5_3_0 JGI CDS 2390949 2391041 . + 2 name "e_gw1.5.88.1"; proteinId 40463; exonNumber 2
sca_5_chr5_3_0 JGI exon 2391104 2391311 . + . name "e_gw1.5.88.1"; transcriptId 40463
sca_5_chr5_3_0 JGI CDS 2391104 2391311 . + 2 name "e_gw1.5.88.1"; proteinId 40463; exonNumber 3
sca_5_chr5_3_0 JGI exon 2391380 2392367 . + . name "e_gw1.5.88.1"; transcriptId 40463
sca_5_chr5_3_0 JGI CDS 2391380 2392367 . + 0 name "e_gw1.5.88.1"; proteinId 40463; exonNumber 4
sca_5_chr5_3_0 JGI exon 2392421 2392485 . + . name "e_gw1.5.88.1"; transcriptId 40463
sca_5_chr5_3_0 JGI CDS 2392421 2392485 . + 1 name "e_gw1.5.88.1"; proteinId 40463; exonNumber 5
sca_5_chr5_3_0 JGI exon 2392541 2392657 . + . name "e_gw1.5.88.1"; transcriptId 40463
sca_5_chr5_3_0 JGI CDS 2392541 2392657 . + 0 name "e_gw1.5.88.1"; proteinId 40463; exonNumber 6
sca_5_chr5_3_0 JGI stop_codon 2392655 2392657 . + 0 name "e_gw1.5.88.1"
sca_5_chr5_3_0 JGI exon 2396205 2396730 . + . name "e_gw1.5.227.1"; transcriptId 41333
sca_5_chr5_3_0 JGI CDS 2396205 2396730 . + 0 name "e_gw1.5.227.1"; proteinId 41333; exonNumber 1
sca_5_chr5_3_0 JGI start_codon 2396205 2396207 . + 0 name "e_gw1.5.227.1"
Necha2_scaffolds.fasta（文件 3）看起来有点像这样（更长的 GATC 位...）：
>sca_8_chr1_1_0
CCTTATCCTAGCGAGGATTAAGGTCCTCGAAAAGAAAGGCAAAGATATAAAGGTAATATAATAGAAGATT
AAGGTATTCTAAGTAAAGGTTATAAAGAAATAAAATAAGAAGAATATTTATAGGCTAAGAAAGACCCCCC
TAAAGGTTAAGGACTTAATATTAAGATTTAATATTCCCTAATTAATTAATATATTAATAAAAATAAAGAT
>sca_5_chr5_3_0
ATGACCACTATATCCATCGGCACAACGGCGTTAATCACATTTGGGTCTGCAATTTTCTGTTTTTGCGGTT
TTCATGTCGGTTCCAACGGGCGGAGCTCGACCAAGAATTACATACATTACGTGGCGCGAGCGCTCTACCC
TCTGGGACATGAAGGGGACGAGGAGTCTGGAGAGGTTCATGTTTGGAATCACAGCATGGTACTGCGGCAC
CCTACCTTGGTCATTCGTTGGTCTCTTTTTTTCAGGGTATGGACGCAGACTCTCAGACTCGCTCTGCTTT
>sca_67_unmapped
CTACAGGAAGCCCTAGAGGCCCTGCAAGACCTTCCAAAGCAGCACTCTTTGCTTCTTCTTAGAGGCAGTA
TCCAGCTTCTTCTAAGGCACCTCCAGAGGCAGCTAGACCCAACCGGGCTAAAAGACCTTTGGGAAGAGGC
TAATACCCTTATAAGAGAGGCTATTATAGCCCTAGTGGCTAGAAGCCCTAGTGAGAGCCCTAAAGAGCCT
AATTCAAGCCTTATAGCCCTTCCAGTCAGAGAGGGAGGCCTAGGAATACCCTTACACAAGGACCTAGCCC
预期最终输出：是 >sca_5_chr5_3_0 关键字之后的一位文本
TTCATGTCGGTTCCAACGGGCGGAGCTCGACCAAGAATTACATACATTACGTGGCGCGAGCGCTCTACCC
TCTGGGACATGAAGGGGACGAGGAGTCTGGAGAGGTTCATGTTTGGAATCACAGCATGGTACTGCGGCAC
CCTACCTTGGTCATTCGTTGGTCTCTTTTTTTCAGGGTATGGACGCAGACTCTCAG