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在 RHEL 6 上安装 ANARCI

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在 RHEL 6 上安装 ANARCI

我要安装阿纳奇在 RHEL 6 上。我安装了 Python 2.7.7。正如您可以阅读他们的主页，ANARCI 需要 Python 2.6+ 和 HMMER3。我下载了 anarci tar.gz 然后解压它。安装它

python setup.py install --prefix=/tmp/anarci

但是当我运行时/tmp/anarci/bin/ANARCI -h，它显示没有名为 ANAARCI 的模块。

在这种情况下如何指定 HMMER 依赖项。如何安装 ANARCI？

答案1

谢谢回复。你的建议对我有用，唯一改变的是在 python 之后，我必须将站点包附加到 PYTHONPATH。

因此，导出 PYTHONPATH=/tmp/anarci/lib/python/site-packages/:$PYTHONPATH 完成了这项工作。

2017 年 5 月 29 日星期一下午 6:53，邓巴，詹姆斯写道：嗨，Prashant，

对于回复缓慢表示歉意。

anarci python 模块需要位于您的 PYTHONPATH 环境变量中，并且 hmmscan 二进制文件（来自 hmmer3）位于您的 PATH 中。

例如，首先使用 bash shell 运行：

导出 PYTHONPATH=/tmp/anarci/lib/python/:$PYTHONPATH 导出 PATH=/tmp/HMMER-3.1/binaries/:$PATH

然后：/tmp/anarci/bin/ANARCI

希望有帮助。如果您还有任何疑问，请告诉我。

最好的，詹姆斯

2017 年 5 月 29 日 15:13，詹姆斯·邓巴 (James Dunbar) 写道：

---------- 转发的消息 ---------- 来自：Prashant Shete <​​[电子邮件受保护]> 日期：2017 年 5 月 22 日 20:18 主题：抗体编号 - ANARCI 安装到：[电子邮件受保护]

嗨詹姆斯，

我尝试从以下位置安装 ANAARCIhttp://opig.stats.ox.ac.uk/webapps/sabdab-sabpred/ANARCI.php

正如它所说，它需要 python 2.6+ 和 HMMER3。我下载了 anarci tar.gz ，解压它并在 RHEL 6 机器上运行 python setup.py install --prefix=/tmp/anarci 。

我还下载了 HMMER-3.1 ，完成 make，以前缀 /tmp/HMMER-3.1 进行安装。

但是当我运行 /tmp/anarci/bin/ANARCI 时，它显示没有名为 anarci 的模块。是不是因为我没有指定 HMMER 依赖关系，如果是的话我该怎么做。

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