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为什么这个并行进程不将输出写入文件而是打印到控制台？

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为什么这个并行进程不将输出写入文件而是打印到控制台？

免责声明：这是一个更普遍的问题我在biostars.org上问过关于并行和写入文件。

当我运行一个程序时（obisplit从obitools包装中）依次读取一个文件并根据原始文件中的某种标准（此处不重要）创建多个文件：

input_file.fastq
     |____ output_01.fastq
     |____ output_02.fastq
     |____ output_03.fastq

但是，当我分割输入文件并并行运行它们时（来自 ubuntu 存储库的版本：20141022），

find . * | grep -P "^input_file" | parallel -j+3 obisplit -p output_{/.}_ -t variable_to_split_on {/}

我希望得到文件

input_file_a.fastq
     |____ output_input_file_a_01.fastq
     |____ output_input_file_a_02.fastq
     |____ output_input_file_a_03.fastq
input_file_b.fastq
     |____ output_input_file_b_01.fastq
     |____ output_input_file_b_02.fastq
     |____ output_input_file_b_03.fastq
input_file_c.fastq
     |____ output_input_file_c_01.fastq
     |____ output_input_file_c_02.fastq
     |____ output_input_file_c_03.fastq

但输出仅打印到控制台。

是否存在某种固有的原因parallel导致此打印控制台，或者这可能是obisplit出于某种原因的行为方式？有没有办法说服每个核心打印parallel到特定文件而不是控制台？

答案1

obisplit如果输出被重定向，听起来好像行为会有所不同。

您可以要求 GNU Parallel 输出到文件：

seq 10 | parallel --results output_{} echo this is input {} >/dev/null

（或者如果您的版本较旧：

seq 10 | parallel echo this is input {} '>' output_{}

）

它将创建output_#, output_#.err, output_#.seq.

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