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如何将列表中每个文件的内容复制到另一个文件中？

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如何将列表中每个文件的内容复制到另一个文件中？

我在一个名为的文件中有一个文件名列表list_of_files.txt。

我想将该列表中每个文件的内容复制到另一个名为的文件中all_compounds.sdf。

我应该如何从命令行执行此操作？

答案1

不要使用简单的命令替换来获取文件名（因为空格和其他特殊字符很容易中断）。请使用类似以下命令xargs：

xargs -d '\n' -a list_of_files.txt cat > all_compounds.sdf

或者while read循环：

while IFS= read -r file; do cat "$file"; done < list_of_files.txt > all_compounds.sdf

要安全地使用命令替换，至少将其设置IFS为换行符并禁用通配符（通配符扩展）：

(set -f; IFS=$'\n'; cat $(cat list_of_files.txt) > all_compounds.sdf)

周围的括号()是为了在子 shell 中运行它，这样当前 shell 就不会受到这些更改的影响。

答案2

快速而肮脏的方法......

cat $(cat list_of_files.txt) >> all_compounds.sdf

请注意：这仅当列表中的文件名表现良好时才有效 - 如果它们有空格，换行符或任何对 shell 有特殊含义的字符，则会出现问题 - 使用这个答案以获得可靠的结果）

笔记

  • cat反对派猫列出文件。它还会打印其内容。

  • 使用命令替换，您可以将( )command2 $(command1)的输出传递给( )，以连接文件。command1cat list...command2cat

  • 然后使用重定向>>将输出发送到文件，而不是打印到 stdout。如果要查看输出，请使用tee：

      cat $(cat list_of_files.txt) | tee -a all_compounds.sdf

（如果您的文件已经存在，我已经使用了>>代替>和tee开关- 这-a附加如果文件已经存在，则写入文件而不是覆盖它）

答案3

虽然 GNUawk是一个文本处理实用程序，但它允许通过调用运行外部 shell 命令system()。我们可以利用这一点，如下所示：

$ awk '{cmd=sprintf("cat \"%s\"",$0); system(cmd)}' file_list.txt

这里的想法很简单：我们逐行读取文件，并从每一行创建格式化的字符串cat "File name.txt"，然后将其传递给system()。

实际运行如下：

$ ls
file1.txt  file2.txt  file3 with space.txt  file_list.txt


$ awk '{cmd=sprintf("cat \"%s\"",$0); system(cmd)}' file_list.txt                                                        
Hi, I'm file2
Hi, I'm file1
Hi, I'm file3

所以我们已经完成了大部分任务 - 我们打印了列表中的所有文件。剩下的很简单：将最终输出重定向到带有>运算符的文件中，并将其放入摘要文件中。

awk '{cmd=sprintf("cat \"%s\"",$0); system(cmd)}' file_list.txt > output.txt

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