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安装较新版本的 MEEP

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安装较新版本的 MEEP

在我的笔记本电脑上，当我发布时sudo apt-get install meep-mpi-default，它会安装 1.3 版本的 MEEP。到目前为止一切都很好。我的笔记本电脑有Ubuntu 16.04.2 LTS，代号 Xenial。

当我在工作站上运行相同的命令时，它会安装 1.2 版 MEEP。但我需要在工作站上安装 1.3 版。工作站有Ubuntu 14.04.5 LTS，代号 Trusty。

sudo apt-get update，sudo apt-get upgrade在工作站上没有帮助。在软件和更新应用程序中，每个框也都已选中。

答案1

如果官方存储库中没有 MEEP 版本，那么您可以考虑从以下源代码安装它：

  1. 为了防止出现任何问题，我们必须替换
    make install为checkinstall：

    sudo apt-get update && sudo apt-get install checkinstall

  2. 依赖项：在终端窗口中我们执行：

    sudo apt-get install libtool* mpich-dev* lapack* guile-2.0 guile-2.0-dev readline-dev fftw3-* paraview hdf5-* gcc-c++ scalapack-* paraview*

  3. 变量环境：在终端窗口中我们执行：

    gedit .bashrc

    如果您愿意，可以使用其他文本编辑器。移至最后一行并在此处完成：

    LDFLAGS="-L/usr/local/lib -lm" export LDFLAGS
CPPFLAGS="-I/usr/local/include" export CPPFLAGS
LD_LIBRARY_PATH="/usr/local/lib:$LD_LIBRARY_PATH" export LD_LIBRARY_PATH
PATH=/lib64/mpich/bin:$PATH export PATH

    创建目录t并输入：

    mkdir t
cd t

  4. 加载、编译和设置支持 MPI 的 FFTW 库。此库已在第 1 阶段设置，但 hdf5 库由于某种原因无法正常工作。因此，需要从源代码编译和设置它：

    为此，我们在终端窗口中执行：

    wget http://www.hdfgroup.org/ftp/HDF5/current/src/hdf5-1.8.14.tar.gz
tar -xf hdf5-1.8.14.tar.gz
cd hdf5-1.8.14
CC=mpicc CXX=mpicxx F77=mpif77 ./configure –-enable-parallel –prefix=/usr/local
make -j4
sudo checkinstall
cd ..

  5. Libctl 库：在同一个地方我们执行：

    wget http://ab-initio.mit.edu/libctl/libctl-3.2.2.tar.gz
tar -xf libctl-3.2.2.tar.gz
cd libctl-3.2.2
CC=/lib64/mpich/bin/mpicc CXX=/lib64/mpich/bin/mpicxx F77=/lib64/mpich/bin/mpif77 ./configure
make -j4
sudo checkinstall
cd ..

  6. MPB：我们在没有 MPI 和 OpenMP 支持的情况下进行编译和设置：

    wget http://ab-initio.mit.edu/mpb/mpb-1.5.tar.gz
tar -xf mpb-1.5.tar.gz
cd mpb-1.5/
CC=/lib64/mpich/bin/mpicc CXX=/lib64/mpich/bin/mpicxx F77=/lib64/mpich/bin/mpif77 ./configure
make -j4 
sudo checkinstall
make distclean

    在 MPI 和 OpenMP 的支持下：

    CC=/lib64/mpich/bin/mpicc CXX=/lib64/mpich/bin/mpicxx F77=/lib64/mpich/bin/mpif77 ./configure --with-mpi --with-openmp
make -j4 
sudo checkinstall
cd ..

  7. Harminv. 执行：

    wget http://ab-initio.mit.edu/harminv/harminv-1.4.tar.gz
tar -xf harminv-1.4.tar.gz
cd harminv-1.4/
CC=/lib64/mpich/bin/mpicc CXX=/lib64/mpich/bin/mpicxx F77=/lib64/mpich/bin/mpif77 ./configure
make
sudo checkinstall
cd ..

  8. MEEP。没有 MPI 和 OpenMP 的支持：

    wget http://ab-initio.mit.edu/meep/meep-1.3.tar.gz
tar -xf meep-1.3.tar.gz
cd meep-1.3/
CC=/lib64/mpich/bin/mpicc CXX=/lib64/mpich/bin/mpicxx F77=/lib64/mpich/bin/mpif77 ./configure
make -j4
sudo checkinstall
make distclean

    在 MPI 和 OpenMP 的支持下：

    CC=/lib64/mpich/bin/mpicc CXX=/lib64/mpich/bin/mpicxx F77=/lib64/mpich/bin/mpif77 ./configure --with-mpi
make -j4
sudo checkinstall

  9. h5utils。MPB 和 MEEP 程序将计算结果保存在扩展名为 .h5 的文件中。注意：此包 (h5utils) 包含一组用于处理 h5 文件的程序，例如 h5topng（用于将 h5 文件转换为图形 png 格式）、h5tovtk（转换为 vtk 格式，方便通过 Paraview 程序显示）和 h5totxt（转换为文本格式）。如果不设置和使用这些程序，那么许多计算结果将无法查看。

    wget http://ab-initio.mit.edu/h5utils/h5utils-1.12.1.tar.gz
tar -xf http://ab-initio.mit.edu/h5utils/h5utils-1.12.1.tar.gz
cd h5utils-1.12.1
CC=/lib64/mpich/bin/mpicc CXX=/lib64/mpich/bin/mpicxx F77=/lib64/mpich/bin/mpif77 ./configure
make -j4 
sudo checkinstall
cd ..

    如果命令执行“make - j4”因“[writepng.o] of Error 1”错误而中断，那么我们执行的不是最后三个命令：

    make h5totxt
make h5tovtk
sudo mv h5tovtk /usr/local/bin/
sudo mv h5totxt /usr/local/bin/
cd ..

有关详细信息，请参阅For more information, see这。

来源

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