☰

继续需要您自担风险。

tag-icon • tag-icon 16.04 software-installation r
继续需要您自担风险。

Ubuntu Xenial (16.04) 的 R 3.5.0 安装包尚未出现在 ubuntu 镜像站点上。是否有其他方法可以在 ubuntu xenial 上将 R 更新到 3.5.0？或者，是否有其他方法可以将 R 更新到 3.5.0？

答案1

R 3.5 目前仅可从 PPA 获得，因为某些 CRAN 软件包在使用 R 3.5 构建时存在问题。

继续需要您自担风险。

对我有用的程序是：

  1. 从系统中删除所有r-cran-*软件包（YMMV，我通常从源代码安装软件包，并且这些软件包很少）

    • 搜索dpkg -l | grep r-cran-

  2. 添加Michael Rutter 的 PPA：

    sudo add-apt-repository ppa:marutter/rrutter3.5
sudo apt-get update

  3. 升级R

    sudo apt install r-api-3.5

  4. 从源代码（通过到个人或站点库install.packages()）或通过安装相应的r-cran-*Ubuntu 包来安装您需要的所有包。

    我使用以下脚本从我的个人站点库中重新安装 R 3.4 的所有软件包：

    installed <- rownames(installed.packages())
pkgs <- dir("~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4")
new <- setdiff(pkgs, installed)
new
install.packages(new)

    如果你有一台具有多个 CPU 的机器，你可以加快该过程，例如：

    install.packages(new, Ncpus = 6)

参考

答案2

自 6 月初 @krlmlr 回复以来，CRAN 网站已经更新：https://cran.r-project.org/bin/linux/ubuntu/。

CRAN 说明有几个步骤，但总结是该sources.list文件应引用特定于版本 3.5.x 和 3.6.x 的存储库。条目类似于

deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu xenial-cran35/

而不是之前的（无版本）条目

deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu xenial/

来自网站的相关描述（最终会改变）：

适用于 i386 和 amd64 上的 Ubuntu 的 R 3.6 软件包可用于大多数稳定的 Ubuntu 桌面版本，直到其正式终止使用日期。但是，只有最新的长期支持 (LTS) 版本才完全受支持。截至 2018 年 11 月 18 日，受支持的版本包括 Xenial Xerus (16.04; LTS)、Trusty Tahr (14.04; LTS)、Bionic Beaver (18.04;LTS)、Cosmic Cuttlefish (18.10) 和 Disco Dingo (19.04)。请注意，要安装 R 3.6 软件包，需要不同的 sources.list 条目。有关详细信息，请参阅下文。尽管 R 已升级到 3.6 版，但为了兼容，sources.list 条目仍使用 cran3.5 名称。

编辑2019-05-13：上个月发布的 R 3.6.0 的更新。

答案3

xenial-cran35/如果您在 apt 中设置了“默认版本”，那么 repo 的版本将无法工作，一些在 Ubuntu 上运行的发行版（如 Mint）就是这种情况。对于我的 Mint 发行版，存在一个文件，其中/etc/apt/apt.conf.d/01ubuntu声明了Default-Release "xenial"; 这意味着，由于 r-base 存在于 ubuntu repo 的版本 3.2 中，版本为“xenial”，它永远不会使用其他 repo 的 3.6 分支，因为该 repo 的版本名称是“xenial-cran35”。您需要编辑该文件以将默认版本更改为“xenail-cran35”，或者使用 apt 首选项文件 (https://wiki.debian.org/AptPreferences#A.2Fetc.2Fapt.2Fpreferences）。

这基本上是 R 的错误，因为它的 repo 格式很差。他们应该有 2 个 repo，每个 repo 都有一个“xenial”发布文件夹，一个 URL 用于 3.2 分支工作，另一个用于 3.5+ 分支工作。但他们却只有一个 repo，而是将“发布名称”弄混了，这恰好适用于基本 Ubuntu，但如果您以这种方式使用非基本 apt 配置，它将无法工作。

答案4

目前需要像这样完成：

sudo apt purge r-base* r-recommended r-cran-*
sudo apt autoremove
sudo add-apt-repository 'deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu bionic-cran35/'
sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9
sudo apt update
sudo apt install r-base-dev

'bionic' 可以更改为您的 ubuntu 版本；检查 R 文档：https://cran.r-project.org/bin/linux/ubuntu/

https://stackoverflow.com/a/56378217/4549682

相关内容