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将命令应用于目录中的所有文件

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将命令应用于目录中的所有文件

我想将以下命令应用于当前目录中的所有文件

clustalw -align -infile=*here goes the input filename* -outfile=*here goes the output filename*

我还希望输出文件名与输入文件名相同加上“.aln”。例如：

clustalw -align -infile=nexus0000.fna -outfile=nexus000.fna.aln

谢谢您的帮助！

答案1

您可以使用 for 循环和按文件扩展名进行通配：

for file in *.fna; do
    clustalw -align -infile="$file" -outfile="$file.aln"
done

如果您想使用单个命令，可以使用find：

find . -maxdepth 1 -type f -iname "*.fna" -exec clustalw -infile {} -outfile {}.aln  \;

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