Ubuntu 18.04 进程在终止前挂起

Question 1

我找到了一个通过使用奇点容器来避免死锁的解决方案，正如 Will Furnass 在这里提出的：http://learningpatterns.me/posts-output/2018-01-30-abaqus-singularity/

虽然一开始有点复杂，但只要设置正确，它就会像魔法一样工作。我在主机系统 (Manjaro/Arch linux) 上修改了 abaqus 的别名，使它们指向 singularity 容器中的安装并在容器环境中执行命令。但是，由于我需要 Intel Fortran 编译器，我生成了一个基本的 centos 7 容器，然后对其进行了修改以安装编译器和 abaqus（在本例中为 v2019），而不是使用 Will Furnass 建议的 .def 脚本。

虽然设置需要一些时间，但现在我有一个可以在任何运行 singularity 的系统上使用的容器映像，这非常好 :)

编辑：我还测试了将工作安装复制到较新的 Linux 系统（并避免全新安装 abaqus），我可以确认这在我的情况下不起作用（CentOS 7 安装复制到 Manajaro 系统）。

Answer

我找到了一个通过使用奇点容器来避免死锁的解决方案，正如 Will Furnass 在这里提出的：http://learningpatterns.me/posts-output/2018-01-30-abaqus-singularity/

虽然一开始有点复杂，但只要设置正确，它就会像魔法一样工作。我在主机系统 (Manjaro/Arch linux) 上修改了 abaqus 的别名，使它们指向 singularity 容器中的安装并在容器环境中执行命令。但是，由于我需要 Intel Fortran 编译器，我生成了一个基本的 centos 7 容器，然后对其进行了修改以安装编译器和 abaqus（在本例中为 v2019），而不是使用 Will Furnass 建议的 .def 脚本。

虽然设置需要一些时间，但现在我有一个可以在任何运行 singularity 的系统上使用的容器映像，这非常好 :)

编辑：我还测试了将工作安装复制到较新的 Linux 系统（并避免全新安装 abaqus），我可以确认这在我的情况下不起作用（CentOS 7 安装复制到 Manajaro 系统）。

Question 2

达索系统本月发布了一个错误修复：

您需要更新至Abaqus 2018至Abaqus 2018-HF16https://software.3ds.com/更多详情请访问https://github.com/willfurnass/abaqus-2017-centos-7-singularity/issues/5#issue-713025844

我尝试更新它Abaqus 2020，Abaqus 2020-HF5它适用于 Ubuntu 20.04 和 Fedora 32。

Answer

达索系统本月发布了一个错误修复：

您需要更新至Abaqus 2018至Abaqus 2018-HF16https://software.3ds.com/更多详情请访问https://github.com/willfurnass/abaqus-2017-centos-7-singularity/issues/5#issue-713025844

我尝试更新它Abaqus 2020，Abaqus 2020-HF5它适用于 Ubuntu 20.04 和 Fedora 32。

Question 3

我想介绍一下我针对这个问题的解决方法。我为 abq2018 求解器制作了一个 Python 包装器，用于检查 .sta 文件的完整性。一旦 .sta 文件完成，任何名为 standard 的进程都将被终止。我发现当 standard 被终止并且分析完成时，求解器会正常退出。

此解决方法并非完美的解决方案。此解决方法的当前问题：

无法直接替换 abq2018 求解器调用
无法通过 GUI 运行，必须通过 shell 运行
仅解析 job= 参数
每次只能运行一个分析，因为所有标准进程被终止
如果未创建或修改 .sta 文件，abq 将永远挂起

如何使用此解决方法：

创建名为 abq 的 Python 文件。abq 的代码详述如下。如果您使用的是 abq2018 以外的求解器，请将行 cmd = 'abq20xx.. 替换为您使用的求解器。
使 abq 可执行并在您的路径中可用。我将 abq 放在 Abaqus 命令文件夹中，然后运行chmod +x abq
通过执行运行 Abaqus 标准作业abq job=Job-1。这将执行 Job-1.inp，然后在 Job-1.sta 完成后终止标准求解器。

abq 的代码如下

#!/usr/bin/python
import subprocess
import sys
import time
arguments = sys.argv
jobname = arguments[1].split('job=')[-1]
cmd = 'abq2018 cpus=4 ask_delete=OFF background job=' + jobname
p = subprocess.call(cmd, shell=True)

complete = False
termination_criteria = [' THE ANALYSIS HAS COMPLETED SUCCESSFULLY\n',
                        ' THE ANALYSIS HAS NOT BEEN COMPLETED\n']

while complete is False:
    # wait every 5 seconds
    time.sleep(5)
    try:
        with open(jobname + '.sta', 'r') as f:
            last = f.readlines()[-1]
            if last in termination_criteria:
                # this will kill any process named standard
                subprocess.call('pgrep standard | xargs kill', shell=True)
                complete = True
    except IOError:
        # model.sta has been deleted or doesn't exist
        # try again in 5 seconds
        time.sleep(5)

Answer