结果

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我有多个这样的文本文件:

>nexus0013_Pseudomonas_59M
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGCTAGGTGCCCTGCGCTTCCCTGTGGCTGCCGCCTGGGCCGCCGAGCTCCGCCAGGAACTGCCGGGGGGCACGCAGACCTGGAGCAGCGAAGAACTGCTCAGGCATCCGCAGGCCCGCGACCTGGACATCCCGGCCGACGTCGCCTACCGCCGGAACATGCGCTACCGCGCCGTGCCACTGGCGGCCTTGTTGAAAGGCGTGCATCCCGAAGACCATTTGCAGGCCGTGGCCAGCGATGGCTTCGCCGCCGAGTTGCCGGCCGCCCCGCTGCTCGCCGAACAGGGCTCGCAAGCCTGGCTGGCGATAGAGGATCCGCAGCGCCCCTGGCCGCCGTTGGGCGCCGGCAAGCCGTCCGCCGGGCCGTTCTATCTGGTCTGGAGCAAACCCGAGGAAAAACGCATCGGTCCGGAGCAATGGCCCTTCCAGGTCGTCCGCATCCGCTATCAGCCCCCTCTGGCCGAACGCTTCCCGGCCCTGCTGCCGGCCGCCGACGCCAGCGCGGAAGTGCGCGCCGGCTTCGCCGTGTTCCAGAAGAACTGCCTGGCCTGCCACCGTCTCAACGGTGCCGGCGACGCCCAGTTCGGCCCGGACCTGAACCTGCCGTACAACCCCACCGAGTACTTCCAGCCGCAATTCCTCTCCCGCTACATCCGCGACCCGCAGGCGCTGCGGCAATGGCCACAGGCGAAAATGCCGGCGTTCCCGGAACGGGTGATCGACGACCAGGAGTTGCGCCAGTTGATCGGCTACTTGCGCCACATGGCCGGCCGCAAGGCGGGCGCGGCCGGCTGA
>nexus0013_Pseudomonas_62M
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>nexus0013_Pseudomonas_53M
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>nexus0013_Pseudomonas_54M
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>nexus0013_Pseudomonas_55M
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>nexus0013_Pseudomonas_57M
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>nexus0013_Pseudomonas_58M
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>nexus0013_Pseudomonas_60M
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>nexus0013_Pseudomonas_61M
ATGCCTGTCACTCTCCCGCGCCTGGCGTTGCTAGGTGCCCTGCTCTTCCCTGTGGCTGCCGCCTGGGCCGCCGAGCTCCGCCTGGAACTGCCGGGGGGCACGCAGACCTGGAGCAGCGAAGAACTGCTCAGGCATCCGCAGGCCCGCGACCTGGACATCCCGGCCGACGTCGCCTACCGCCGGAACATGCGCTACCGCGCCGTGCCACTGGCGGCCTTGTTGAAAGGCGTGCATCCCGAAGACCATTTGCAGGCCGTGGCCAGCGATGGCTTCGCCGCCGAGTTGCCGGCCGCCCCGCTGCTCGCCGAACAGGGCTCGCAAGCCTGGCTGGCGATAGAGGATCCGCAGCGCCCCTGGCCGCCGTTGGGCGCCGGCAAGCCGTCCGCCGGGCCGTTCTATCTGGTCTGGAGCAAACCCGAGGAAAAACGCATCGGTCCGGAGCAATGGCCCTTCCAGGTCGTCCGCATCCGCTATCAGCCCCCTCTGGCCGAACGCTTCCCGGCCCTGCTGCCGGCCGCCGACGCCAGCGCGGAAGTGCGCGCCGGCTTCGCCGTGTTCCAGAAGAACTGCCTGGCCTGCCACCGTCTCAACGGTGCCGGCGACGCCCAGTTCGGCCCGGACCTGAACCTGCCGTACAACCCCACCGAGTACTTCCAGCCGCAATTCCTCTCCCGCTACATCCGCGACCCGCAGGCGCTGCGGCAATGGCCACAGGCGAAAATGCCGGCGTTCCCGGAACGGGTGATCGACGACCAGGAGTTGCGCCAGTTGATCGGCTACTTGCGCCACATGGCCGGCCGCAAGGCGGGCGCGGCCGGCTGA

我想在下一行中对标题(“>”之后的所有内容)及其相应的序列进行排序,以便它们最终按升序排列,如下所示:

>nexus0013_Pseudomonas_53M
ATGCCTGTCACTCTCCCGCGCCTGGCGTTGCTAGGTGCCCTGCTCTTCCCTGTGGCTGCCGCCTGGGCCGCCGAGCTCCGCCTGGAACTGCCGGGGGGCACGCAGACCTGGAGCAGCGAAGAACTGCTCAGGCATCCGCAGGCCCGCGACCTGGACATCCCGGCCGACGTCGCCTACCGCCGGAACATGCGCTACCGCGCCGTGCCACTGGCGGCCTTGTTGAAAGGCGTGCATCCCGAAGACCATTTGCAGGCCGTGGCCAGCGATGGCTTCGCCGCCGAGTTGCCGGCCGCCCCGCTGCTCGCCGAACAGGGCTCGCAAGCCTGGCTGGCGATAGAGGATCCGCAGCGCCCCTGGCCGCCGTTGGGCGCCGGCAAGCCGTCCGCCGGGCCGTTCTATCTGGTCTGGAGCAAACCCGAGGAAAAACGCATCGGTCCGGAGCAATGGCCCTTCCAGGTCGTCCGCATCCGCTATCAGCCCCCTCTGGCCGAACGCTTCCCGGCCCTGCTGCCGGCCGCCGACGCCAGCGCGGAAGTGCGCGCCGGCTTCGCCGTGTTCCAGAAGAACTGCCTGGCCTGCCACCGTCTCAACGGTGCCGGCGACGCCCAGTTCGGCCCGGACCTGAACCTGCCGTACAACCCCACCGAGTACTTCCAGCCGCAATTCCTCTCCCGCTACATCCGCGACCCGCAGGCGCTGCGGCAATGGCCACAGGCGAAAATGCCGGCGTTCCCGGAACGGGTGATCGACGACCAGGAGTTGCGCCAGTTGATCGGCTACTTGCGCCACATGGCCGGCCGCAAGGCGGGCGCGGCCGGCTGA
>nexus0013_Pseudomonas_54M
ATGCCTGTCACTCTCCCGCGCCTGGCGTTGCTAGGTGCCCTGCTCTTCCCTGTGGCTGCCGCCTGGGCCGCCGAGCTCCGCCTGGAACTGCCGGGGGGCACGCAGACCTGGAGCAGCGAAGAACTGCTCAGGCATCCGCAGGCCCGCGACCTGGACATCCCGGCCGACGTCGCCTACCGCCGGAACATGCGCTACCGCGCCGTGCCACTGGCGGCCTTGTTGAAAGGCGTGCATCCCGAAGACCATTTGCAGGCCGTGGCCAGCGATGGCTTCGCCGCCGAGTTGCCGGCCGCCCCGCTGCTCGCCGAACAGGGCTCGCAAGCCTGGCTGGCGATAGAGGATCCGCAGCGCCCCTGGCCGCCGTTGGGCGCCGGCAAGCCGTCCGCCGGGCCGTTCTATCTGGTCTGGAGCAAACCCGAGGAAAAACGCATCGGTCCGGAGCAATGGCCCTTCCAGGTCGTCCGCATCCGCTATCAGCCCCCTCTGGCCGAACGCTTCCCGGCCCTGCTGCCGGCCGCCGACGCCAGCGCGGAAGTGCGCGCCGGCTTCGCCGTGTTCCAGAAGAACTGCCTGGCCTGCCACCGTCTCAACGGTGCCGGCGACGCCCAGTTCGGCCCGGACCTGACCCTGCCGTACAACCCCACCGAGTACTTCCAGCCGCAATTCCTCTCCCGCTACATCCGCGACCCGCAGGCGCTGCGGCAATGGCCACAGGCGAAAATGCCGGCGTTCCCGGAACGGGTGATCGACGACCAGGAGTTGCGCCAGTTGATCGGCTACTTGCGCCACATGGCCGGCCGCAAGGCGGGCGCGGCCGGCTGA
>nexus0013_Pseudomonas_55M
ATGCCTGTCACTCTCCCGCGCCTGGCGTTGCTAGGTGCCCTGCTCTTCCCTGTGGCTGCCGCCTGGGCCGCCGAGCTCCGCCTGGAACTGCCGGGGGGCACGCAGACCTGGAGCAGCGAAGAACTGCTCAGGCATCCGCAGGCCCGCGACCTGGACATCCCGGCCGACGTCGCCTACCGCCGGAACATGCGCTACCGCGCCGTGCCACTGGCGGCCTTGTTGAAAGGCGTGCATCCCGAAGACCATTTGCAGGCCGTGGCCAGCGATGGCTTCGCCGCCGAGTTGCCGGCCGCCCCGCTGCTCGCCGAACAGGGCTCGCAAGCCTGGCTGGCGATAGAGGATCCGCAGCGCCCCTGGCCGCCGTTGGGCGCCGGCAAGCCGTCCGCCGGGCCGTTCTATCTGGTCTGGAGCAAACCCGAGGAAAAACGCATCGGTCCGGAGCAATGGCCCTTCCAGGTCGTCCGCATCCGCTATCAGCCCCCTCTGGCCGAACGCTTCCCGGCCCTGCTGCCGGCCGCCGACGCCAGCGCGGAAGTGCGCGCCGGCTTCGCCGTGTTCCAGAAGAACTGCCTGGCCTGCCACCGTCTCAACGGTGCCGGCGACGCCCAGTTCGGCCCGGACCTGAACCTGCCGTACAACCCCACCGAGTACTTCCAGCCGCAATTCCTCTCCCGCTACATCCGCGACCCGCAGGCGCTGCGGCAATGGCCACAGGCGAAAATGCCGGCGTTCCCGGAACGGGTGATCGACGACCAGGAGTTGCGCCAGTTGATCGGCTACTTGCGCCACATGGCCGGCCGCAAGGCGGGCGCGGCCGGCTGA
>nexus0013_Pseudomonas_57M
ATGCCTGTCACTCTCCCGCGCCTGGCGTTGCTAGGTGCCCTGCTCTTCCCTGTGGCTGCCGCCTGGGCCGCCGAGCTCCGCCTGGAACTGCCGGGGGGCACGCAGACCTGGAGCAGCGAAGAACTGCTCAGGCATCCGCAGGCCCGCGACCTGGACATCCCGGCCGACGTCGCCTACCGCCGGAACATGCGCTACCGCGCCGTGCCACTGGCGGCCTTGTTGAAAGGCGTGCATCCCGAAGACCATTTGCAGGCCGTGGCCAGCGATGGCTTCGCCGCCGAGTTGCCGGCCGCCCCGCTGCTCGCCGAACAGGGCTCGCAAGCCTGGCTGGCGATAGAGGATCCGCAGCGCCCCTGGCCGCCGTTGGGCGCCGGCAAGCCGTCCGCCGGGCCGTTCTATCTGGTCTGGAGCAAACCCGAGGAAAAACGCATCGGTCCGGAGCAATGGCCCTTCCAGGTCGTCCGCATCCGCTATCAGCCCCCTCTGGCCGAACGCTTCCCGGCCCTGCTGCCGGCCGCCGACGCCAGCGCGGAAGTGCGCGCCGGCTTCGCCGTGTTCCAGAAGAACTGCCTGGCCTGCCACCGTCTCAACGGTGCCGGCGACGCCCAGTTCGGCCCGGACCTGAACCTGCCGTACAACCCCACCGAGTACTTCCAGCCGCAATTCCTCTCCCGCTACATCCGCGACCCGCAGGCGCTGCGGCAATGGCCACAGGCGAAAATGCCGGCGTTCCCGGAACGGGTGATCGACGACCAGGAGTTGCGCCAGTTGATCGGCTACTTGCGCCACATGGCCGGCCGCAAGGCGGGCGCGGCCGGCTGA
>nexus0013_Pseudomonas_58M
ATGCCTGTCACTCTCCCGCGCCTGGCGTTGCTAGGTGCCCTGCTCTTCCCTGTGGCTGCCGCCTGGGCCGCCGAGCTCCGCCTGGAACTGCCGGGGGGCACGCAGACCTGGAGCAGCGAAGAACTGCTCAGGCATCCGCAGGCCCGCGACCTGGACATCCCGGCCGACGTCGCCTACCGCCGGAACATGCGCTACCGCGCCGTGCCACTGGCGGCCTTGTTGAAAGGCGTGCATCCCGAAGACCATTTGCAGGCCGTGGCCAGCGATGGCTTCGCCGCCGAGTTGCCGGCCGCCCCGCTGCTCGCCGAACAGGGCTCGCAAGCCTGGCTGGCGATAGAGGATCCGCAGCGCCCCTGGCCGCCGTTGGGCGCCGGCAAGCCGTCCGCCGGGCCGTTCTATCTGGTCTGGAGCAAACCCGAGGAAAAACGCATCGGTCCGGAGCAATGGCCCTTCCAGGTCGTCCGCATCCGCTATCAGCCCCCTCTGGCCGAACGCTTCCCGGCCCTGCTGCCGGCCGCCGACGCCAGCGCGGAAGTGCGCGCCGGCTTCGCCGTGTTCCAGAAGAACTGCCTGGCCTGCCACCGTCTCAACGGTGCCGGCGACGCCCAGTTCGGCCCGGACCTGAACCTGCCGTACAACCCCACCGAGTACTTCCAGCCGCAATTCCTCTCCCGCTACATCCGCGACCCGCAGGCGCTGCGGCAATGGCCACAGGCGAAAATGCCGGCGTTCCCGGAACGGGTGATCGACGACCAGGAGTTGCGCCAGTTGATCGGCTACTTGCGCCACATGGCCGGCCGCAAGGCGGGCGCGGCCGGCTGA
>nexus0013_Pseudomonas_59M
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGCTAGGTGCCCTGCGCTTCCCTGTGGCTGCCGCCTGGGCCGCCGAGCTCCGCCAGGAACTGCCGGGGGGCACGCAGACCTGGAGCAGCGAAGAACTGCTCAGGCATCCGCAGGCCCGCGACCTGGACATCCCGGCCGACGTCGCCTACCGCCGGAACATGCGCTACCGCGCCGTGCCACTGGCGGCCTTGTTGAAAGGCGTGCATCCCGAAGACCATTTGCAGGCCGTGGCCAGCGATGGCTTCGCCGCCGAGTTGCCGGCCGCCCCGCTGCTCGCCGAACAGGGCTCGCAAGCCTGGCTGGCGATAGAGGATCCGCAGCGCCCCTGGCCGCCGTTGGGCGCCGGCAAGCCGTCCGCCGGGCCGTTCTATCTGGTCTGGAGCAAACCCGAGGAAAAACGCATCGGTCCGGAGCAATGGCCCTTCCAGGTCGTCCGCATCCGCTATCAGCCCCCTCTGGCCGAACGCTTCCCGGCCCTGCTGCCGGCCGCCGACGCCAGCGCGGAAGTGCGCGCCGGCTTCGCCGTGTTCCAGAAGAACTGCCTGGCCTGCCACCGTCTCAACGGTGCCGGCGACGCCCAGTTCGGCCCGGACCTGAACCTGCCGTACAACCCCACCGAGTACTTCCAGCCGCAATTCCTCTCCCGCTACATCCGCGACCCGCAGGCGCTGCGGCAATGGCCACAGGCGAAAATGCCGGCGTTCCCGGAACGGGTGATCGACGACCAGGAGTTGCGCCAGTTGATCGGCTACTTGCGCCACATGGCCGGCCGCAAGGCGGGCGCGGCCGGCTGA
>nexus0013_Pseudomonas_60M
ATGCCTGTCACTCTCCCGCGCCTGGCGTTGCTAGGTGCCCTGCTCTTCCCTGTGGCTGCCGCCTGGGCCGCCGAGCTCCGCCTGGAACTGCCGGGGGGCACGCAGACCTGGAGCAGCGAAGAACTGCTCAGGCATCCGCAGGCCCGCGACCTGGACATCCCGGCCGACGTCGCCTACCGCCGGAACATGCGCTACCGCGCCGTGCCACTGGCGGCCTTGTTGAAAGGCGTGCATCCCGAAGACCATTTGCAGGCCGTGGCCAGCGATGGCTTCGCCGCCGAGTTGCCGGCCGCCCCGCTGCTCGCCGAACAGGGCTCGCAAGCCTGGCTGGCGATAGAGGATCCGCAGCGCCCCTGGCCGCCGTTGGGCGCCGGCAAGCCGTCCGCCGGGCCGTTCTATCTGGTCTGGAGCAAACCCGAGGAAAAACGCATCGGTCCGGAGCAATGGCCCTTCCAGGTCGTCCGCATCCGCTATCAGCCCCCTCTGGCCGAACGCTTCCCGGCCCTGCTGCCGGCCGCCGACGCCAGCGCGGAAGTGCGCGCCGGCTTCGCCGTGTTCCAGAAGAACTGCCTGGCCTGCCACCGTCTCAACGGTGCCGGCGACGCCCAGTTCGGCCCGGACCTGAACCTGCCGTACAACCCCACCGAGTACTTCCAGCCGCAATTCCTCTCCCGCTACATCCGCGACCCGCAGGCGCTGCGGCAATGGCCACAGGCGAAAATGCCGGCGTTCCCGGAACGGGTGATCGACGACCAGGAGTTGCGCCAGTTGATCGGCTACTTGCGCCACATGGCCGGCCGCAAGGCGGGCGCGGCCGGCTGA
>nexus0013_Pseudomonas_61M
ATGCCTGTCACTCTCCCGCGCCTGGCGTTGCTAGGTGCCCTGCTCTTCCCTGTGGCTGCCGCCTGGGCCGCCGAGCTCCGCCTGGAACTGCCGGGGGGCACGCAGACCTGGAGCAGCGAAGAACTGCTCAGGCATCCGCAGGCCCGCGACCTGGACATCCCGGCCGACGTCGCCTACCGCCGGAACATGCGCTACCGCGCCGTGCCACTGGCGGCCTTGTTGAAAGGCGTGCATCCCGAAGACCATTTGCAGGCCGTGGCCAGCGATGGCTTCGCCGCCGAGTTGCCGGCCGCCCCGCTGCTCGCCGAACAGGGCTCGCAAGCCTGGCTGGCGATAGAGGATCCGCAGCGCCCCTGGCCGCCGTTGGGCGCCGGCAAGCCGTCCGCCGGGCCGTTCTATCTGGTCTGGAGCAAACCCGAGGAAAAACGCATCGGTCCGGAGCAATGGCCCTTCCAGGTCGTCCGCATCCGCTATCAGCCCCCTCTGGCCGAACGCTTCCCGGCCCTGCTGCCGGCCGCCGACGCCAGCGCGGAAGTGCGCGCCGGCTTCGCCGTGTTCCAGAAGAACTGCCTGGCCTGCCACCGTCTCAACGGTGCCGGCGACGCCCAGTTCGGCCCGGACCTGAACCTGCCGTACAACCCCACCGAGTACTTCCAGCCGCAATTCCTCTCCCGCTACATCCGCGACCCGCAGGCGCTGCGGCAATGGCCACAGGCGAAAATGCCGGCGTTCCCGGAACGGGTGATCGACGACCAGGAGTTGCGCCAGTTGATCGGCTACTTGCGCCACATGGCCGGCCGCAAGGCGGGCGCGGCCGGCTGA
>nexus0013_Pseudomonas_62M
ATGCCTGTCACTCTCCCGCGCCTGGCGTTGCTAGGTGCCCTGCTCTTCCCTGTGGCTGCCGCCTGGGCCGCCGAGCTCCGCCTGGAACTGCCGGGGGGCACGCAGACCTGGAGCAGCGAAGAACTGCTCAGGCATCCGCAGGCCCGCGACCTGGACATCCCGGCCGACGTCGCCTACCGCCGGAACATGCGCTACCGCGCCGTGCCACTGGCGGCCTTGTTGAAAGGCGTGCATCCCGAAGACCATTTGCAGGCCGTGGCCAGCGATGGCTTCGCCGCCGAGTTGCCGGCCGCCCCGCTGCTCGCCGAACAGGGCTCGCAAGCCTGGCTGGCGATAGAGGATCCGCAGCGCCCCTGGCCGCCGTTGGGCGCCGGCAAGCCGTCCGCCGGGCCGTTCTATCTGGTCTGGAGCAAACCCGAGGAAAAACGCATCGGTCCGGAGCAATGGCCCTTCCAGGTCGTCCGCATCCGCTATCAGCCCCCTCTGGCCGAACGCTTCCCGGCCCTGCTGCCGGCCGCCGACGCCAGCGCGGAAGTGCGCGCCGGCTTCGCCGTGTTCCAGAAGAACTGCCTGGCCTGCCACCGTCTCAACGGTGCCGGCGACGCCCAGTTCGGCCCGGACCTGAACCTGCCGTACAACCCCACCGAGTACTTCCAGCCGCAATTCCTCTCCCGCTACATCCGCGACCCGCAGGCGCTGCGGCAATGGCCACAGGCGAAAATGCCGGCGTTCCCGGAACGGGTGATCGACGACCAGGAGTTGCGCCAGTTGATCGGCTACTTGCGCCACATGGCCGGCCGCAAGGCGGGCGCGGCCGGCTGA

*有时会有缺失的数字,例如本例中的 56M

答案1

使用sed

sed -i -e 's/ /\n/' <(sort -n <(sed -e 'N;s/\n/ /' in.txt))

说明:

  • sed -e 'N;s/\n/ /' in.txt部分,用单个空格将每两条线连接在一起
  • sort -n执行数值排序的部分
  • 然后sed -e 's/ /\n/',我们根据之间的单个空格将该行拆分为两条单独的行。
  • 会将-i更改写入输入文件中,使用时-i.bak将首先从输入文件中进行备份。

答案2

awk '/^>/ { printf "%s ",$0; next; } { print; }' file1 | 
    sort -n |
    awk '{ print $1; print $2; }'

答案3

您可以使用Schwartzian转换Perl来执行此操作:

perl -ne '
   push @A, $_.=<>}{
   print for
    # Schwartzian transform
    map  { $_->[0] }             # recover the line
    sort { $a->[1] <=> $b->[1] } # do the sorting using the key 
    map  { [$_,/_(\d+)M$/m] }    # setup: line(zeroth-indexed) + sorting key(first index)
    @A;                          # operate on elements of array @A
' yourfile

结果

>nexus0013_Pseudomonas_53M
.....................................
>nexus0013_Pseudomonas_54M
.....................................
>nexus0013_Pseudomonas_55M
.....................................
>nexus0013_Pseudomonas_57M
.....................................
>nexus0013_Pseudomonas_58M
.....................................
>nexus0013_Pseudomonas_59M
.....................................
>nexus0013_Pseudomonas_60M
.....................................
>nexus0013_Pseudomonas_61M
.....................................
>nexus0013_Pseudomonas_62M
.....................................

将文件按行对填充到数组中@A。然后在 eof 处,我们执行Schwartzian“map->sort->map”操作。在此,我们携带整条线+排序数据,并在操作的最后一步中,在排序后恢复线。因此,对于这种情况,排序键是位于行边界的 M 之前的数字。 (记住我们附加了下一行)

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