pydot.InvocationException：未找到 GraphViz 的可执行文件

Question

我找不到与 Ubuntu 服务器相关的任何解决方案。我将使用来plot_model from keras.utils import plot_model保存.png模型的格式。但是，出现错误，提示“未找到 GraphViz 的可执行文件”。完整回溯如下：

Traceback (most recent call last):
  File "/home/user/00_files/project/combined/kfold_loop.py", line 85, in <module>
    plot_model(combined_net(), to_file = 'kfold_loop.png')
  File "/usr/local/lib/python3.5/dist-packages/keras/utils/vis_utils.py", line 133, in plot_model
    dot = model_to_dot(model, show_shapes, show_layer_names, rankdir)
  File "/usr/local/lib/python3.5/dist-packages/keras/utils/vis_utils.py", line 55, in model_to_dot
    _check_pydot()
  File "/usr/local/lib/python3.5/dist-packages/keras/utils/vis_utils.py", line 26, in _check_pydot
    pydot.Dot.create(pydot.Dot())
  File "/home/user/.local/lib/python3.5/site-packages/pydot/__init__.py", line 1951, in create
    'GraphViz\'s executables not found' )
pydot.InvocationException: GraphViz's executables not found

Process finished with exit code 1

我有0.13.2版本graphviz和1.4.1pydotUbuntu 16.04 服务器上的版本。

还应该做什么？

仅供参考：我正在通过 Windows 10 上的 PyCharm 访问 Ubuntu 服务器。

Answer 1

似乎你误解了 python graphviz 包（https://pypi.org/project/graphviz/）使用 graphviz 应用程序（https://gitlab.com/graphviz/graphviz/)。为了使用pydot或graphviz（python 包），您需要 graphviz（应用程序）的一个工作副本。

如果你无权使用 sudo，我想到有两种方法

1. 使用 conda（推荐）
2. 手动编译 graphviz

但是，在没有访问权限的情况下手动编译 graphvizsudo非常困难，因为需要很多依赖项。因此，我建议您使用 conda。

Conda 一步步操作：

• 下载 miniconda (https://docs.conda.io/en/latest/miniconda.html）
• 通过运行下载的脚本来安装 miniconda
• 创建新环境conda create -n env_name python=3.5
• 安装 graphviz（应用程序）conda install -n env_name graphviz
• 激活 conda 环境conda activate env_name
• 使用 pip 安装其他 Python 依赖项

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要在离线机器上安装 conda 环境，您可以在开发机器上本地安装 conda env，然后使用 conda pack 将其移动到服务器

• 在本地安装环境（在类似的操作系统上）
• 在本地机器上安装 conda packpip install conda-pack
• 打包环境conda pack -n env_name
• 将创建的复制env_name.tar.gz到服务器
• 将档案解压到新文件夹（例如 env_name）
• 要激活环境，请运行source env_name/bin/activate