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有没有什么方法可以将文件加载到 RAM 中以便更快地进行计算？

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有没有什么方法可以将文件加载到 RAM 中以便更快地进行计算？

我现在正在学习生物信息学。我正在使用 BWA 之类的比对程序。我想知道是否有任何命令或目录允许我将 fastq 文件从硬盘复制到 RAM 中并对其进行所有比对和计算，只将输出打印到硬盘上。或者至少它可以与 RAM 一起工作

答案1

你可以使用 RAMFS 在 RAM 中创建/挂载一个目录，然后将文件复制到其中。还有另一种方法可以实现你想要的效果虚拟触摸

sudo mkdir -p /mnt/ram
sudo mount -t ramfs /mnt/ram
sudo chmod 755 /mnt/ram

cp /path/to/myFile /mnt/ram/myFile

当然，/mnt/ram卸载或重启时，的内容将会丢失

释放临时挂载的 RAM 文件：

sudo umount /mnt/ram
sudo rmdir /mnt/ram

答案2

Ubuntu（和其他 Linux 发行版）已经预装了 ramdisk /dev/shm。此 ramdisk 的大小是 RAM 的一半（因此在 OP 的情况下为 10 GB）。

无需创建另一个 ramdisk，只需在里面创建一个文件夹/dev/shm，将文件复制到那里，然后再次删除该文件夹即可。

例子：

$ mkdir /dev/shm/myfiles
$ cp /path/to/myfiles /dev/shm/myfiles
$ do whatever /dev/shm/myfiles
$ rm -R /dev/shm/myfiles

答案3

Mkusb Frugal Persistent Live 安装与 toram

mkusb： https://help.ubuntu.com/community/mkusb，创建将启动的持久 Live Frugal 安装托拉姆。

Frugal 安装可以加载到 USB 或内部磁盘。

我认为，如果您有足够的 RAM，这将使系统非常快。

会话间数据保存在持久的 ext4 覆盖分区上。您还可以添加 FAT32 和 NTFS 数据分区。

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