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有没有办法通过 diff 等命令行工具在 Linux 中比较两个核苷酸序列

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有没有办法通过 diff 等命令行工具在 Linux 中比较两个核苷酸序列

我有两个基因组序列，我想逐个字母地进行比较。它们具有几乎相同的模式，但发生了一些核苷酸转变。

例如

序列1

ATGGCGATGAGCAGCGGCGGCAGTGGTGGCGGCGTCCCGGAGCAGGAGGATTCCGTGCTGTTCCGGCGCGGCACAGGCCAGAGCGATGATTCTGACATTTGGGATGATACAGCACTGATAAAAGCATATGATAAAGCTGTGGCTTCATTTAAGCATGCTCTAAAGAATGGTGACATTTGTGAAACTTCGGGTAAACCAAAAACCACACCTAAAAGAAAACCTGCTAAGAAGAATAAAAGCCAAAAGAAGAATACTGCAGCTTCCTTACAACAGTGGAAAGTTGGGGACAAATGTTCTGCCATTTGGTCAGAAGACGGTTGCATTTACCCAGCTACCATTGCTTCAATTGATTTTAAGAGAGAAACCTGTGTTGTGGTTTACACTGGATATGGAAATAGAGAGGAGCAAAATCTGTCCGATCTACTTTCCCCAATCTGTGAAGTAGCTAATAATATAGAACAAAATGCTCAAGAGAATGAAAATGAAAGCCAAGTTTCAACAGATGAAAGTGAGAACTCCAGGTCTCCTGGAAATAAATCAGATAACATCAAGCCCAAATCTGCTCCATGGAACTCTTTTCTCCCTCCACCACCCCCCATGCCAGGGCCAAGACTGGGACCAGGAAAGCCAGGTCTAAAATTCAATGGCCCACCACCGCCACCGCCACCACCACCACCCCACTTACTATCATGCTGGCTGCCTCCATTTCCTTCTGGACCACCAATAATTCCCCCACCACCTCCCATATGTCCAGATTCTCTTGATGATGCTGATGCTTTGGGAAGTATGTTAATTTCATGGTACATGAGTGGCTATCATACTGGCTATTATATGGGTTTCAGACAAAATCAAAAAGAAGGAAGGTGCTCACATTCCTTAAATTAA

序列2

ATGGCGATGAGCAGCGGCGGCAGTGGTGGCGGCGTCCCGGAGCAGGAGGATTCCGTGCTGTTCCGGCGCGGCACAGGCCAGAGCGATGATTCTGACATTTGGGATGATACAGCACTGATAAAAGCATATGATAAAGCTGTGGCTTCATTTAAGCATGCTCTAAAGAATGGTGACATTTGTGAAACTTCGGGTAAACCAAAAACCACACCTAAAAGAAAACCTGCTAAGAAGAATAAAAGCCAAAAGAAGAATACTGCAGCTTCCTTACAACAGTGGAAAGTTGGGGACAAATGTTCTGCCATTTGGTCAGAAGACGGTTGCATTTACCCAGCTACCATTGCTTCAATTGATTTTAAGAGAGAAACCTGTGTTGTGGTTTACACTGGATATGGAAATAGAGAGGAGCAAAATCTGTCCGATCTACTTTCCCCAATCTGTGAAGTAGCTAATAATATAGAACAGAATGCTCAAGAGAATGAAAATGAAAGCCAAGTTTCAACAGATGAAAGTGAGAACTCCAGGTCTCCTGGAAATAAATCAGATAACATCAAGCCCAAATCTGCTCCATGGAACTCTTTTCTCCCTCCACCACCCCCCATGCCAGGGCCAAGACTGGGACCAGGAAAGCCAGGTCTAAAATTCAATGGCCCACCACCGCCACCGCCACCACCACCACCCCACTTACTATCATGCTGGCTGCCTCCATTTCCTTCTGGACCACCAATAATTCCCCCACCACCTCCCATATGTCCAGATTCTCTTGATGATGCTGATGCTTTGGGAAGTATGTTAATTTCATGGTACATGAGTGGCTATCATACTGGCTATTATATGGAAATGCTGGCATAG

有没有一种 bash 方法可以比较序列并着色或打印差异？

编辑：我想通过Linux工具来比较基因序列。

我需要逐行比较字母并突出显示差异。我认为diff不擅长比较由数百个字母组成的单个单词。

答案1

您可以将每一行保存为单独的文件，例如

f1 - 第一个基因组序列 f2 - 第二个基因组序列

现在，您需要转换线条（水平到垂直）：

awk '{gsub(".","&\n");printf "%s",$0}' < f1 >f1a
awk '{gsub(".","&\n");printf "%s",$0}' < f2 >f2a

这会将新格式保存在 2 个新文件（ f1a 和 f2a ）中，现在将这 2 个文件与diff

diff -y f1a f2a  #will output both lines and show differences
diff -c f1a f2a  #will only output the differences and tell you from which line to which line

更多关于差异的信息：http://man7.org/linux/man-pages/man1/diff.1.html

上面的内容也可以制作成一个小脚本，您可以在其中将 2 个基因组序列作为变量传递。

如果您想要彩色输出，请尝试使用colordiff（在 Ubuntu 中sudo apt-get install colordiff：）并在下面的脚本中替换diff为。colordiff对于并排输出，请使用选项-y：

#!/bin/bash
# This script will compare the 2 genomic sequences
echo "1st genomic sequence, followed by [ENTER]:"
read gena
echo "2nd genomic sequence, followed by [ENTER]:"
read genb
echo $gena | awk '{gsub(".","&\n");printf "%s",$0}' > /tmp/fa
echo $genb | awk '{gsub(".","&\n");printf "%s",$0}' > /tmp/fb
echo "Insert the diff argument you wish to use (e.g. -y or -c). Please refer to man diff for information. Hit [ENTER]:"
read $arg
diff $arg /tmp/fa /tmp/fb
exit

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