![我如何确认默认临时目录已满,这就是我的组装器无法进行基因组组装过程的原因?](https://linux22.com/image/1198444/%E6%88%91%E5%A6%82%E4%BD%95%E7%A1%AE%E8%AE%A4%E9%BB%98%E8%AE%A4%E4%B8%B4%E6%97%B6%E7%9B%AE%E5%BD%95%E5%B7%B2%E6%BB%A1%EF%BC%8C%E8%BF%99%E5%B0%B1%E6%98%AF%E6%88%91%E7%9A%84%E7%BB%84%E8%A3%85%E5%99%A8%E6%97%A0%E6%B3%95%E8%BF%9B%E8%A1%8C%E5%9F%BA%E5%9B%A0%E7%BB%84%E7%BB%84%E8%A3%85%E8%BF%87%E7%A8%8B%E7%9A%84%E5%8E%9F%E5%9B%A0%EF%BC%9F.png)
我为写这么长的问题深表歉意;但我被这个问题难住了,而且我不是一个高级 Linux 用户。我正在为我的从头组装工作。CLC Genomics Workbench 是一款经过许可的软件,它包含用于 DNA 序列读取的从头组装和 contigs 的下游分析的所有软件包。早上,当我检查进度时,屏幕上出现一条警告消息,上面写着:“根目录中的空间不足”。截至目前,组装的一个阶段称为“Contig 生成正在进行中”,该过程似乎停留在 14%。大约花了 24 小时才从 13% 的进度提高了 1%。
我的系统中的根目录/
安装在 /dev/sda2 上。当我检查时,可用空间为 0%。我发现该/var/log/error_log
文件占用了大部分磁盘空间,删除文件后释放了约 600 GB(但我观察到同一个文件的生成和填充速度更快)。当我阅读有关 CLC 服务器的信息时,它说临时文件占用了大量磁盘空间。这些临时文件是分析所必需的,这些临时文件被写入系统的默认临时目录。默认临时目录,我相信他们指的是/tmp
。当我检查时/tmp
,我发现了一个FASTA
文件,大小约为 185 GB。
/tmp
当我通过运行以下命令检查大小时,我得到的结果/tmp
是174G
。
当我跑步的时候df -h
,输出显示所有文件的总大小tmpfs
约为 174GB,但看起来它们尚未被充分利用(不超过 1%)。截至撰写此问题时,有/dev/sda2
500GB 的可用空间。我很困惑,是否/tmp
已经饱和 - 并且汇编程序无法再写入任何临时文件 - 这是汇编过程缺乏进展的原因。我该如何弄清楚并证实它?