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删除特定字符并在单独的行中打印

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删除特定字符并在单独的行中打印

我需要您的紧急帮助和指导，我有一个文件，其中有 1000 个序列，我想从中分离 K 和 R 并逐行粘贴剩余的序列。文件 A：

MSTNPKPQRK  TKRNTNRRPE  DVKFPGGQI

期望输出：

MSTNP
PQ
T
NTN
PE
DV
FPGGQI

得到这个输出后，我想在文件 B（序列数据库）中搜索单个序列

答案1

和sed：

sed 's/[KR[:blank:]]\+/\n/g' A.txt
  • sed 's/[KR[:blank:]]\+/\n/g' A.txt用换行符替换所有一个或多个K、R和空格/制表符A.txt

和awk：

awk -F '[KR[:blank:]]+' '{for(i=1; i<=NF; i++) print $i}' A.txt

  • -F '[KR[:blank:]]+'将字段分隔符设置为一个或多个K、R、空格/制表符

  • {for(i=1; i<=NF; i++) print $i}迭代并打印字段

您可以awk使用这两个文件作为参数来在另一个文件上搜索结果模式，然后从那里开始工作。

更通用的方法是grep从输入文件名中获取模式，您可以使用进程替换来获取文件描述符：

grep -f <(awk/sed ... A.txt) B.txt

对于精确匹配，添加-F：

grep -Ff <(awk/sed ... A.txt) B.txt

例子：

% cat A.txt 
MSTNPKPQRK  TKRNTNRRPE  DVKFPGGQI

% sed 's/[KR[:blank:]]\+/\n/g' A.txt
MSTNP
PQ
T
NTN
PE
DV
FPGGQI

% awk -F '[KR[:blank:]]+' '{for(i=1; i<=NF; i++) print $i}' A.txt 
MSTNP
PQ
T
NTN
PE
DV
FPGGQI

答案2

可以通过多种不同的方式获得所需的输出。下面介绍的 Perl 和 Awk 的工作方式完全相同。您可以使用>运算符将​​任一命令重定向到文件，然后使用grep -f pattern.txt data.txt

例如，使用下面介绍的 perl，我们可以执行以下操作：

 perl -ne '@s=split /[KR ]/,$_; foreach(@s){ print "$_\n" if !/^$/}'  input.txt  > pattern.txt && grep -f pattern.txt data.txt

Perl

perl 方法实际上与下面解释的 AWK 相同：使用 K、R 和空格作为分隔符将行拆分为列，然后对它们进行迭代，仅打印非空列。

$ perl -ne '@s=split /[KR ]/,$_; foreach(@s){ print "$_\n" if !/^$/}'  input.txt          
MSTNP
PQ
T
NTN
PE
DV
FPGGQI

大王

$ awk -F '[KR ]' 'BEGIN{OFS="\n"};{$1=$1;print}' input.txt  | awk '!/^$/'                              
MSTNP
PQ
T
NTN
PE
DV
FPGGQI

其工作原理的关键点：

  • -F允许我们使用空格、K 和 R 作为列（又名字段）的分隔符。
  • BEGIN{OFS="\n"}允许我们使用换行符作为输出分隔符，以便项目以换行符分隔
  • 为了应用新的 OFS，我们通过$1=$1分配触发文本行的重建，并最终打印该行。
  • 由于多个列分隔符 K、R 和空格相邻（例如PQRK），我们必须从第一个 awk 中过滤掉空行，这正是第二个 awk 正在做的事情。

答案3

将K、R和空格字符替换为换行符，压缩任何多个实例：

$ tr -s '[KR[:space:]]' '\n' < file
MSTNP
PQ
T
NTN
PE
DV
FPGGQI

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