☰

最后/lastdb 的问题

tag-icon • tag-icon python
最后/lastdb 的问题

我正在尝试运行一个名为 TEBreak 的程序，它可以检测基因组内的遗传元件。但是，每当我运行它时，我都会遇到此警告消息：

警告：无法lastdb -4G /tmp/tebreak.concat.fa.b745d57e-0363-4bab-9a48-2aebf31ffd25.fa /tmp/tebreak.concat.fa.b745d57e-0363-4bab-9a48-2aebf31ffd25.fa

警告：/tmp/tebreak.concat.fa.b745d57e-0363-4bab-9a48-2aebf31ffd25.fa 没有lastdb 索引

这到底意味着什么？这是临时文件或lastdb 的问题吗？

该程序的 python 脚本的链接在这里：https://github.com/adamewing/tebreak/blob/master/tebreak/tebreak.py

我在脚本中搜索了错误消息：

在此输入图像描述

我确实联系了该程序的作者，他提出了这样的建议：

Lastdb 问题可能是由于缺少先决条件造成的，抱歉，有几个先决条件...尝试单独运行“lastdb”以查看它是否在系统上。

我已经检查并安装了lastdb，但我找不到版本信息 - 这会有所不同吗？

任何人都可以阐明这个错误，以及我可以采取哪些措施来纠正它。

答案1

发生错误的原因是Python的os.path.exists(path)函数返回False。

根据文档，可能有两个原因：

os.path.exists(path)

True如果路径引用现有路径则返回小路或打开的文件描述符。返回False损坏的符号链接。在某些平台上，False如果未授予os.stat()在请求的文件上执行的权限，则该函数可能会返回，即使路径实际存在。

1）检查你的*.db和*.tis文件是否有一致的符号链接

2）检查上述文件的读/执行权限

相关内容