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GlimmerHMM 在基因预测过程中给出“分段错误”错误

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GlimmerHMM 在基因预测过程中给出“分段错误”错误

我正在尝试使用 GlimmerHMM 进行基因预测。训练模型已成功完成，但在预测过程中出现“分段错误”。

command : glimmerhmm_linux_x86_64 input.fasta -d Directory -o glimmer_results.gff -g

答案1

我不熟悉这个特定的程序，但也许这篇文章会对您有所帮助......

我假设你指的是这个程序微光嗯下载页面。

如果是这样...您是从源代码编译该程序还是设法获得预编译的 64 位版本？

当我在我的机器上运行编译后的程序时，没有任何选项，我会看到如下所示的选项菜单：

USAGE:  ./glimmerhmm <genome1-file> <training-dir-for-genome1> [options] 
Options:
-p file_name     If protein domain searches are available, read them from file file_name
-d dir_name      Training directory is specified by dir_name (introduced for compatibility with earlier versions)
-o file_name     Print output in file_name; if n>1 for top best predictions, output is in file_name.1, file_name.2, ... , file_name.n f
-n n             Print top n best predictions
-g               Print output in gff format
-v               Don't use svm splice site predictions
-f               Don't make partial gene predictions
-h               Display the options of the program

该程序的使用菜单指示似乎与您的命令行选项列表相匹配。

所以有几种可能：

  1. 不知何故，程序的构建出了问题并且无法运行......缺少库或其他东西。
  2. 没有指定的目录Directory，相反，您需要指定类似的内容~/my_training_directory
  3. 您正在尝试在 32 位计算机上运行 64 位程序。

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