这两个文件似乎具有相同的功能。如果有的话，它们之间有什么区别？
答案1
~/.Xdefaults是存储 X 资源的较旧方法。每次启动 Xlib 程序时都会重新读取此文件。如果通过网络使用 X11，则该文件必须与程序位于同一文件系统上。
~/.Xresources较新。它被加载xrdb到 X11 根窗口的属性中RESOURCE_MANAGER。每当任何程序查找资源时，它都会从 RESOURCE_MANAGER 中读取，而不会触及任何文件。
如果 RESOURCE_MANAGER 属性不存在，Xlib 会回到每次程序启动时读取 ~/.Xdefaults 的旧方法。但请注意，如果 ~/.Xresources 存在，大多数发行版都会自动加载它，这意味着该属性将始终存在，因此即使您自己从未运行过 xrdb，~/.Xdefaults 也始终会被忽略。
（您可以使用xprop -root来查看 X 根窗口的属性。）
新方法的优点是，只需调用一次 xrdb 即可，资源将可供在此显示器上运行的任何程序使用，无论是本地还是远程。（名称~/.Xresources只是一种惯例——您可以使用 xrdb 加载任何文件，甚至 ~/.Xdefaults。）
Xlib 编程手册 P.441：
在 X11R2 之前，X 资源设置是从用户主目录中的 .Xdefaults 文件读取的，并且可以选择在运行 X 客户端的任何机器上读取，因此很难维护多个文件。
后来，xrdb 程序被设计成将 .Xresources 中的用户资源设置存储到当前 X 服务器上根窗口的 XA_RESOURCE_MANAGER 属性中，这样连接到同一服务器的所有客户端都可以访问它们。如果用户没有调用 xrdb 来设置该属性，则读取 .Xdefaults。
（注意：XA_RESOURCE_MANAGER 是一个引用内置原子的 Xlib C 宏，但该原子的实际名称（对于 XInternAtom）只是 RESOURCE_MANAGER。）
维基百科：
[...] X 资源存储在两个标准位置，取决于它们是适用于所有屏幕还是适用于特定屏幕：
- 屏幕 0 的根窗口的 RESOURCE_MANAGER 属性
- 任意屏幕的根窗口的 SCREEN_RESOURCES 属性
其他文件
事情还没有完全结束。
- 还有
$XENVIRONMENT变量，默认为~/.Xdefaults-hostname如果没有设置。这将由程序直接读取，类似于 .Xdefaults 本身，但总是无论 RESOURCE_MANAGER 是否存在，都可以读取。您可以使用文件来保留某些特定于机器的设置，同时将其用于全局设置。.Xdefaults-hostnamexrdb
下面列出的第 4 项和第 5 项似乎都仅由纯 Xlib 程序使用 - 而不是 GTK 3 或其他工具包。
第四个位置是环境变量指向的目录
$XAPPLRESDIR。（奇怪的是，如果未设置变量，$HOME则使用默认值。）当启动程序时，它会查找以下任何文件是否存在（文件名与程序的类名相同）：$XAPPLRESDIR/$LC_CTYPE/XTerm$XAPPLRESDIR/language/XTerm$XAPPLRESDIR/XTerm
（通过剥离除第一个部分以外的所有部分
language得出$LC_CTYPE；例如，en_US.utf-8→en。）这第五位置是系统范围的“app-defaults”目录。同样，如果 app-defaults 目录中有以程序命名的文件，则会在程序启动时检查这些目录。例如，XTerm（在 Arch Linux 上）使用：
/etc/X11/$LC_CTYPE/app-defaults/XTerm/etc/X11/language/app-defaults/XTerm/etc/X11/app-defaults/XTerm/usr/share/X11/$LC_CTYPE/app-defaults/XTerm/usr/share/X11/language/app-defaults/XTerm/usr/share/X11/app-defaults/XTerm
app-defaults 文件通常
/usr/share与程序本身一起安装到；管理员覆盖将转到/etc。
上面提到的所有内容在 X.org 工具包文档中都有详细记录 – 文章X 工具包内部函数 - C 语言接口， 部分加载资源数据库。
不幸的是，我找不到任何描述 X 资源的最新用户指南，主要是因为它们在 2012 年已经不相关了。但对于历史（阅读：非常过时）信息，你可以阅读X Window 系统 X11 R3 和 R4 用户指南第 9 节：设置资源（从第 181 页开始）。