DASqv -v -H$H -c$cov $db $i | grep Recommend - | sed "s|Recommend ||g" - | sed "s|'||g" -` by itself produces `DAStrim -g20 -b25
我的目标是将之前的结果与awk '{print $1 " " $2 " "$3 " $db $i"}'整个命令结合起来并将其通过管道传输到输出文件> $(basename $i .las).DAStrim。
不幸的是，我只得到结果bananaDB ./bananaDB.100.las，而不是DAStrim -g20 -b25 bananaDB ./bananaDB.100.las使用以下代码：
#!/bin/bash
db=bananaDB
H=6973
cov=38
for i in $(find . -type f -name "*.*.las");
do
#cat <<EOF
qsub <<EOF
#!/bin/bash -l
#PBS -N DASqv
#PBS -l walltime=48:00:00
#PBS -j oe
#PBS -l mem=1G
#PBS -l ncpus=1
#PBS -M [email protected]
##PBS -m bea
cd \$PBS_O_WORKDIR
source activate thegenemyers
DASqv -v -H$H -c$cov $db $i | grep Recommend - | sed "s|Recommend ||g" - | sed "s|'||g" - | awk '{print $1 " " $2 " "$3 " $db $i"}' > $(basename $i .las).DAStrim
EOF
done
更新
DASqv -v -H$H -c$cov $db $i
生产：
DASqv -c38 bananaDB ./bananaDB.100.las
Input: 16,450reads, 210,758,575 bases (another 9,934 were < H-length)
Histogram of q-values (average 10 best)
Input QV
50: 1494189 0.2% 380302 18.0%
49: 364713 0.0% 484 0.0%
48: 545846 0.1% 423 0.1%
47: 650479 0.2% 466 0.1%
46: 835282 0.3% 548 0.1%
45: 1054589 0.4% 648 0.1%
44: 1299423 0.5% 775 0.2%
43: 1644281 0.7% 895 0.2%
42: 2036915 0.9% 1193 0.3%
41: 2571126 1.2% 1334 0.4%
40: 3518594 1.5% 1647 0.5%
39: 3641660 1.9% 2046 0.6%
38: 5026473 2.4% 2291 0.7%
37: 6243982 3.1% 2708 0.9%
36: 7600704 3.9% 3301 1.1%
35: 9313754 4.9% 4002 1.3%
34: 11257936 6.0% 4676 1.6%
33: 13508338 7.5% 5544 1.9%
32: 15981847 9.1% 6552 2.3%
31: 18648809 11.1% 7771 2.7%
30: 22290239 13.4% 9124 3.3%
29: 25083448 16.0% 10624 3.9%
28: 29566164 19.1% 12874 4.6%
27: 33339712 22.6% 15482 5.5%
26: 37891335 26.6% 18869 6.6%
25: 44146531 31.2% 23307 7.9%
24: 44948068 35.9% 28142 9.5%
23: 50951224 41.3% 33590 11.5%
22: 55009718 47.1% 42157 13.9%
21: 57456151 53.1% 52181 16.9%
20: 60635065 59.4% 63207 20.6%
19: 58423422 65.6% 76426 25.0%
18: 58472922 71.7% 91565 30.2%
17: 55127848 77.5% 107289 36.4%
16: 50395382 82.7% 123758 43.6%
15: 43893354 87.3% 136465 51.4%
14: 36509552 91.2% 145632 59.8%
13: 28654550 94.2% 145540 68.2%
12: 21245809 96.4% 138232 76.2%
11: 14560980 97.9% 121403 83.2%
10: 9345155 98.9% 98071 88.8%
9: 5395169 99.5% 73996 93.1%
8: 2894210 99.8% 52246 96.1%
7: 1335673 99.9% 33845 98.0%
6: 581470 100.0% 19476 99.2%
5: 201756 100.0% 9367 99.7%
4: 76322 100.0% 3760 99.9%
3: 18979 100.0% 1082 100.0%
2: 4751 100.0% 264 100.0%
1: 456 100.0% 41 100.0%
0: 2686 100.0% 38 100.0%
Recommend 'DAStrim -g20 -b25'
我错过了什么？
先感谢您。
答案1
你让事情变得比他们需要的更加困难，并且遇到了空白和引用问题。尝试如下操作：
步骤1：创建一个独立的脚本，根据命令行上给出的适当参数和文件名，对一个或多个数据文件执行您想要的操作。
#!/bin/sh
# use the first 3 arguments for the values to pass to DASqv
db="$1"
H="$2"
cov="$3"
# use shift to get rid of them once we have them in variables, ...
shift 3
# ... so we can loop over the remaining filenames (1 or more) on the command line
for filename in "$@" ; do
outfile="$(basename "$filename" .las).DAStrim"
qsub <<EOF
#!/bin/bash -l
#PBS -N DASqv
#PBS -l walltime=48:00:00
#PBS -j oe
#PBS -l mem=30G
#PBS -l ncpus=1
#PBS -M [email protected]
##PBS -m bea
cd "\$PBS_O_WORKDIR"
source activate thegenemyers
DASqv -v -H"$H" -c"$cov" "$db" "$filename" |
sed -n -e '/Recommend/ {
s/Recommend //;
s/\x27//g;
s:$: "$db" "$filename":;
p
}' > "$outfile"
EOF
done
（sed中间的脚本可以全部在一行上，但是额外的换行和缩进使其更具可读性，而无需更改其功能/以任何方式运行的方式。另外，请注意使用 来\x27删除所有单行引号字符 0x27是 ASCII 单引号字符的十六进制表示法）
将其另存为 egsubmit-jobs.sh并使其可执行chmod +x submit-job.sh。
第2步：测试一下
通过手动使用脚本提交作业来测试脚本是否执行您想要的操作。例如运行：
/path/to/submit-jobs.sh bananaDB 6973 38 /path/to/somefile.las
如有必要，请修改脚本，直到它完全符合您的要求。
步骤3：现在find使用脚本提交多个作业：
find . -type f -name '*.las' -exec /path/to/submit-jobs.sh bananaDB 6973 38 {} +
步骤4：find ...（可选）将步骤 3 转换为一个脚本，您可以使用不同的参数运行该脚本，这样您就不必每次需要使用略有不同的值再次运行时键入命令。例如
#!/bin/sh
find . -type f -name '*.las' -exec /path/to/submit-jobs.sh "$1" "$2" "$3"
如果您将其另存为find-and-submit.sh并使用 使其可执行chmod +x，则可以将其运行为：
find-and-submit.sh bananaDB 6973 38
此第 4 步脚本甚至可以为变量提供一个 for 循环，例如，它可以提交$cov值为 35 到 45 的作业，而不需要$cov成为参数之一。