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在 HPC 上安装 Open MPI

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在 HPC 上安装 Open MPI

我想在带有 Slurm 资源管理器的 Linux HPC 集群上安装 OpenMPI。我知道如何从源代码定期构建 OpenMPI，但是，如何安装它以便它也正确安装在计算节点上？

答案1

就像你的一样类似的问题答案mpich是在集群的每个节点上安装您的发行版提供的 OpenMPI 打包版本。

你运行的是 Ubuntu，所以：

apt-get install openmpi-bin

该openmpi-bin软件包依赖于libopenmpi2，openmpi-common因此安装它会导致它们自动安装。

您可能还想在另一台计算机上（可能在集群的头节点上）安装文档 ( openmpi-doc) 和/或开发标头和库 ( ) libopenmpi-dev- 计算节点上不需要这些。

顺便说一句，如果您已经pdsh在头节点上进行了安装和配置，则可以openmpi-bin使用一个命令在整个集群上进行安装。例如

pdsh -g all 'apt-get update && DEBIAN_FRONTEND=noninteractive apt-get -y install openmpi-bin'

仅供参考，pdsh（“并行分布式 Shell”）由以下人员编写LLNL（他们也是 的作者slurm），以帮助自动化管理其集群。它被编写为 IBM 程序dsh（“分布式 Shell”）的增强型开源克隆

另外顺便说一句，您可以在以下位置找到 Ubuntu openmpi 软件包和使用 OpenMPI 的软件包的列表：https://packages.ubuntu.com/search?keywords=openmpi

该列表包括每个 Ubuntu 版本可用的软件包版本。

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