将 fasta 文件转换为纯文本

Question

如何将带“>”的 fasta 格式转换为纯文本文件 ex.输入：fasta文件

>1M14
GATCGGACTAGCTAA

输出：纯文本文件

GATCGGACGAGCTAA

Answer 1

法斯塔文件格式已经是纯文本格式了。您想要做的是将 fasta 文件转换为仅包含 DNA 序列的文件。

要从 fasta 文件中删除所有标题行，只需删除以 开头的行>：

grep -v '^>' fastafile >newfile

您可能想看看StackExchange 生物信息学网站。

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该grep -v命令删除与给定正则表达式匹配的行。正则表达式^>匹配以字符 开头的行>。

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见结尾我对你之前的一个问题的回答了解如何反转、补充和/或反向补充仅包含 DNA 序列的文件。