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按条件过滤部分重复项的列表

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按条件过滤部分重复项的列表

我有一个部分重复记录的列表。每个唯一记录均由其前 5 个字段标识，但每个记录都有多个与其关联的“特征”，由后续 4 个字段的内容定义。每个记录的第一个字段中有一个“标识符”，但一个标识符可以有多个与之关联的记录。示例如下：

A   1   122114  A   T   ABCD    c.123A>T    41  K/Y
A   1   122114  A   T   EFGH    c.456-7890T>A   .   .
B   7   56715   G   C   IJKL    c.321+9876C>A   .   .
B   7   56715   G   C   MNOP    c.543G>C    181 Q/L
B   7   56715   G   C   PONM    c.-7324G>C  .   .
C   12  9844    T   C   QRST    c.8392-68723T>C .   .
C   12  3338745 T   C   UVWX    c.599A>G    200 P/*
C   21  71120   C   G   YZAB    c.35C>G 12  D
C   21  71120   C   G   CDEF    c.-2345G>C  .   .
D   1   122114  A   T   ABCD    c.123A>T    41  K/Y
D   1   122114  A   T   EFGH    c.456-7890T>A   .   .
E   8   5094    A   AT  GHIJ    c.678_679insT   226-227 .
E   8   5094    A   AT  KLMN    c.-2356_-2357insT   .   .

我希望将每个“记录”的文件过滤为一行，使用条件层次结构来过滤“功能”，例如：

  • 字段 9 包含“/”，否则
  • 字段 9 包含 [AZ]，否则
  • 字段 8 包含 [数字]，否则
  • 字段 7 包含“[范围从 -50 到 +50][A、C、T 或 G]”

一旦“记录”满足这些条件，我就不再希望它进一步（以避免每个“记录”获得超过一行）。

我尝试使用 awk 使用前 5 个字段创建一个数组并运行 for 循环，但我对其进行了一些哈希处理（请原谅双关语）：

awk -F"\t" '{a[$1$2$3$4$5]=$0;{for (i in a) if ($9~"/") print a[i]; else if ($9~/[A-Z]/) print a[i]; else if ($8~/[0-9]/) print a[i]}}' file

这最终会重复打印多次。有没有办法在 awk 中做到这一点？

答案1

Perl 一行代码在这里：

perl -F'\t' -lane '$r{$F[0].$F[1].$F[2].$F[3].$F[4]}=$_ if $F[8]=~/\// or $F[8]=~[A-Z] or $F[7]=~/\d/ or $F[6]=~/\b(\d\d)[ACTG]/ and $1<=50; END{print $r{$_} for (keys %r)}' file

评论：

perl假设它在您的系统上可用，则提供了一个解决方案。如果需要，应该很容易在 中重写awk，因为逻辑和语法非常相似。

条件基于您的规格和awk片段。正如评论中已经指出的那样，至少其中之一似乎不符合您的输入文件示例。

这最后的打印找到的具有相同密钥的记录。

记录按随机顺序打印。

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