☰

将 sed 与模式中的变量一起使用

tag-icon • tag-icon sed rename mv
将 sed 与模式中的变量一起使用

I am trying to rename a couple of files with the same extensions with a differing variable in the middle. I have tried the following with no luck as to what I wish to accomplish.

文件：cKO_mESC_Rep_1_H3K27Ac.gc_corrected.bam

INBAM=$(ls *_*.gc_corrected.bam)
INPUT=$(echo $INBAM | sed 's/_*.gc_corrected.bam/_input.gc_corrected.bam/g')

echo $INPUT 
cKO_mESC_Rep_1_H3K27Ac_input.gc_corrected.bam

但是，我希望我的输出是cKO_mESC_Rep_1_input.gc_corrected.bam

有人知道错误是什么吗？我已经尝试了很多事情，但我可能无法使用正确的关键字进行搜索来获得答案。谢谢！

答案1

欢迎来到该网站。

我认为你混淆了“通配符”（又名“壳球“） 和常用表达在您使用sed.

您的意图显然是将模式“下划线，后跟任意数量的字母和数字，后跟.gc_corrected.bam”替换为_input.gc_corrected.bam。不幸的是，你的sed表达有两个方面的缺陷：

  • 您的匹配部分使用 shell 典型的“通配符”表示法。然而，这里需要sed一个正则表达式，并且在正则表达式中，*不是意思是“零个或多个字符的任何字符串”，但“前一个字符的零个或多次重复”，以便您的表达式将替换由“零个或多个下划线，后跟.gc_corrected.bam”组成的任何模式替换为_input.gc_corrected.bam。这就是为什么在您的情况下，只需将文件名后缀之前的最后一个下划线替换为_input.
  • 即便如此，如果实际文件名中有多个下划线，则匹配“由任意数量的字符组成的字符串”的模式也将包含下划线，这可能会导致匹配字符串的长度出现不良行为。特别是，正则表达式是贪婪的，如果不仔细构造，您可能最终会_mESC_Rep_1_H3K27Ac用_input.

在您的情况下，正确的正则表达式是：

sed 's/_[^_]+\.gc_corrected\.bam/_input.gc_corrected.bam/g'

这将替换一个字符串，以下划线开头_，后跟一个或多个字符不是下划线的( [^_]+)，后面跟着.gc_corrected.bam，替换为_input.gc_corrected.bam。

另请注意在正则表达式中，.代表“任何单个字符”（在 shell 通配符中将由 表示?），因此如果您想匹配文字.，则必须对其进行转义。这在替换字符串中当然不是必需的，因为那不是正则表达式。

相关内容