![zcat | head:大型 gz 文件中的写入错误](https://linux22.com/image/1361283/zcat%20%7C%20head%EF%BC%9A%E5%A4%A7%E5%9E%8B%20gz%20%E6%96%87%E4%BB%B6%E4%B8%AD%E7%9A%84%E5%86%99%E5%85%A5%E9%94%99%E8%AF%AF.png)
我正在尝试使用 zcat 将压缩的 .gzip 文件的前 1M 行放入新文件中。
但是,我收到以下错误:
$ zcat path/to/R2.fq.gz | head -100 >R2.fqtest
head: write error: Input/output error
当我找到这个帖子并尝试时,我松了一口气:
$ gunzip -c path/to/R2.fq.gz | head -n100 >R2_test.fq
但我再次遇到同样的错误!
head: write error: Input/output error
有人知道可能发生什么事情以及如何解决吗?
谢谢!Carmen
編輯 >
根据要求,我在收到错误后输入了以下内容
tail /var/log/syslog
并得到
tail: cannot open `/var/log/syslog' for reading: No such file or directory
答案1
看起来 zcat/gunzip 没有问题。您可以创建文件并写入吗?
尝试这个:
hexdump /dev/urandom | head -n 100 > R2_test.fq
答案2
所以,事实证明这是磁盘空间不足的问题!
谢谢大家!
卡门
答案3
请按顺序尝试并发布结果:
head -n 10 /proc/cpuinfo
echo test | gzip -3 | zcat
echo test > R2.fqtest
这里的目标是首先测试是否正常运行head
,然后测试是否正常运行zcat
,然后测试是否能够成功写入R2.fqtest
。
由于您声明在尝试写入 R2.fqtest 之前一切都按预期运行,这不会引发错误,但也不会显示您写入的数据,因此该文件或底层文件系统存在问题。是否有其他进程写入、锁定或旋转该文件?相关文件系统的 fstab 行是什么样的?您可以卸载并 fsck 相关文件系统吗?您是否在文件系统底层的物理驱动器的日志中看到错误?