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zcat | head：大型 gz 文件中的写入错误

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zcat | head：大型 gz 文件中的写入错误

我正在尝试使用 zcat 将压缩的 .gzip 文件的前 1M 行放入新文件中。

但是，我收到以下错误：

$ zcat path/to/R2.fq.gz | head -100 >R2.fqtest
head: write error: Input/output error

当我找到这个帖子并尝试时，我松了一口气：

$ gunzip -c path/to/R2.fq.gz | head -n100 >R2_test.fq

但我再次遇到同样的错误！

head: write error: Input/output error

有人知道可能发生什么事情以及如何解决吗？

谢谢！Carmen

編輯 >

根据要求，我在收到错误后输入了以下内容

tail /var/log/syslog

并得到

tail: cannot open `/var/log/syslog' for reading: No such file or directory

答案1

看起来 zcat/gunzip 没有问题。您可以创建文件并写入吗？

尝试这个：

hexdump /dev/urandom | head -n 100 > R2_test.fq

答案2

所以，事实证明这是磁盘空间不足的问题！

谢谢大家！

卡门

答案3

请按顺序尝试并发布结果：

head -n 10 /proc/cpuinfo
echo test | gzip -3 | zcat
echo test > R2.fqtest

这里的目标是首先测试是否正常运行head，然后测试是否正常运行zcat，然后测试是否能够成功写入R2.fqtest。

由于您声明在尝试写入 R2.fqtest 之前一切都按预期运行，这不会引发错误，但也不会显示您写入的数据，因此该文件或底层文件系统存在问题。是否有其他进程写入、锁定或旋转该文件？相关文件系统的 fstab 行是什么样的？您可以卸载并 fsck 相关文件系统吗？您是否在文件系统底层的物理驱动器的日志中看到错误？

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