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如何加入两个文件

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如何加入两个文件

我想连接两个文件，并且必须使用命令 join。这是第一个文件 file1.txt

SUBJID  SEX DTHHRDY
GTEX-1117F  2   4
GTEX-111CU  1   0
GTEX-111FC  1   1
GTEX-1122O  2   4

这是第二个文件file2.txt

GTEX-1117F-003-a
GTEX-1117F-003-b
GTEX-111CU-0011-a
GTEX-111FC-0011
GTEX-1122O-0045-a
GTEX-1122O-0045-b

正如您所看到的，文件 1 与第 1 列中的文件 2 匹配。此外，我必须连接这两个字段来过滤文件 1 中的第 2 列和第 3 列。对于第 2 列，我必须采用所有值 2，对于第 3 列，我必须采用所有值4.

需要输出

Sample  SEX DTHHRDY
GTEX-1117F-003-a    2   4
GTEX-1117F-003-b    2   4
GTEX-1122O-0045-a   2   4
GTEX-1122O-0045-b   2   4

GTEX-1117F 与 GTEX-1117F-003-a 相关，因为前两行是相同的，区别是 -003-a，但你可以剪切它，你会看到它们是相关的。我尝试过join -1 1 -1 1 file1.txt file2.txt，但收到此消息“连接：不兼容的连接字段 1、2”。此外，我用 this 创建了两个新文件awk '{if ($2 == "2") print $1,2,3}'，所以我有 12 个数据，但现在我不知道如何与 file2.txt 联接。另外，我必须使用join命令

答案1

head -n 1 file1.txt
join <(paste -d" " <(cut -d- -f1-2 file2.txt) file2.txt | sort) \
     <(tail -n +2 file1.txt | sort) \
| cut -d" " -f2- \
| awk '$2 == 2 && $3 == 4' \
| column -t

SUBJID  SEX DTHHRDY
GTEX-1117F-003-a   2  4
GTEX-1117F-003-b   2  4
GTEX-1122O-0045-a  2  4
GTEX-1122O-0045-b  2  4

答案2

问题join是连接字段必须相同。所以你必须修改 file2.txt 以获得一个可以与 file1.txt 完全匹配的字段

此外，数据必须排序。

流程替代s 在使用 时非常有用join。

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