Shell脚本提取文件数据时出错

Question

我假设您的输入文件实际上每行只包含一个文件名，如下所示：

SAE1903.barcode.in.R1.R1.fastq
SAE1903.barcode.in.R1.R2.fastq
SAE2000.barcode.in.R1.R1.fastq
...

您的脚本将每一行读入id，因此第一行之后的id值为SAE1903.barcode.in.R1.R1.fastq。如果您现在使用此变量，则$id.barcode.in.R1.R1.fastq变量将被值替换，然后.barcode.in.R1.R1.fastq附加字符串 ( ) 的其余部分。当然，这会导致错误，因为没有名为SAE1903.barcode.in.R1.R1.fastq.barcode.in.R1.R1.fastq.

一个简单的解决方案（假设文件的行数为偶数）可以克服这个问题

#!/bin/bash
while read line1; do
    read line2
    cat "demuxR1/$line1" "demuxR2/$line2" > "alldemulti/${line1%%.*}.forwardread.fastq"
done < R1_new.txt

将${line1%%.*}被替换为eg SAE1903，即从文件读取的字符串中第一个点之前的单词。

Answer 1

我假设您的输入文件实际上每行只包含一个文件名，如下所示：

SAE1903.barcode.in.R1.R1.fastq
SAE1903.barcode.in.R1.R2.fastq
SAE2000.barcode.in.R1.R1.fastq
...

您的脚本将每一行读入id，因此第一行之后的id值为SAE1903.barcode.in.R1.R1.fastq。如果您现在使用此变量，则$id.barcode.in.R1.R1.fastq变量将被值替换，然后.barcode.in.R1.R1.fastq附加字符串 ( ) 的其余部分。当然，这会导致错误，因为没有名为SAE1903.barcode.in.R1.R1.fastq.barcode.in.R1.R1.fastq.

一个简单的解决方案（假设文件的行数为偶数）可以克服这个问题

#!/bin/bash
while read line1; do
    read line2
    cat "demuxR1/$line1" "demuxR2/$line2" > "alldemulti/${line1%%.*}.forwardread.fastq"
done < R1_new.txt

将${line1%%.*}被替换为eg SAE1903，即从文件读取的字符串中第一个点之前的单词。

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