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bash 脚本，在所有子文件夹中运行命令并进行选择

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bash 脚本，在所有子文件夹中运行命令并进行选择

我需要运行这个命令

trjconv -s run.tpr -f run.xtc -pbc mol -ur compact -o unwrap

对于所有遵循命名模式的子目录us_0.0, us_-0.2, us_-0.4 ... us_-3.8。运行该命令后，它还会要求我进行选择，答案也将为 0。我究竟应该如何在 bash 中编写此脚本？

答案1

如果你的意思是你需要将每个目录传递到 stdin：

convAll ()
{
  while read line
  do
    echo -e "$line\n0" | trjconv -s run.tpr -f run.xtc -pbc mol -ur compact -o unwrap
  done
}

ls | grep -E 'us_-?[0-9]\.[0-9]+' | convAll
# NOTE: There's probably an even shorter one-liner version of this that uses `xargs`, but
#       I'll leave that as an exercise to the reader.

如果你的意思是你需要将每个目录作为附加参数传递：

ls | grep -E 'us_-?[0-9]\.[0-9]+' | tr '\n' '\0' | \
     xargs -0 -n 1 trjconv -s run.tpr -f run.xtc -pbc mol -ur compact -o unwrap

如果你的意思是你需要cd进入每个目录：

convAll ()
{
  while read line
  do
    (\
       cd "$line" && \
       trjconv -s run.tpr -f run.xtc -pbc mol -ur compact -o unwrap || \
       echo "Command failed for '$line'." >&2 \
    )
  done
}

ls | grep -E 'us_-?[0-9]\.[0-9]+' | convAll

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