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安装 Burrows-Wheeler Aligner 时出现问题 (Linux)

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安装 Burrows-Wheeler Aligner 时出现问题 (Linux)

请耐心等待，我刚刚开始使用虚拟机和 Linux。

我无法安装 BWA（关联) 在我的 Linux 虚拟机上。我尝试了几种方法，我找到的最完整的说明来自康奈尔大学，但我可能误解了他们想让我做什么。

我从 sourceforge 下载了最新版本 0.7.9a，并将其移动到我的主目录的一个文件夹中。该文件的路径是：

/home/jp/bwa/bwa-0.7.9a.tar.bz2

然后我解压了该文件：

bunzip2 bwa-0.7.9a.tar.bz2

然后解开文件：

tar xvf bwa-0.7.9a.tar

然后我进入我创建的新目录：

cd bwa-0.7.9a

然后我使用“make 命令”

make

这就是我被困住的地方：

终端打印此错误：

jp@jp-VirtualBox:~/bwa$ cd bwa-0.7.9a
jp@jp-VirtualBox:~/bwa/bwa-0.7.9a$ dir
bamlite.c   bwase.c     bwtsw2_aux.c    kopen.c    NEWS.md
bamlite.h   bwase.h     bwtsw2_chain.c  kseq.h     pemerge.c
bntseq.c    bwaseqio.c  bwtsw2_core.c   ksort.h    QSufSort.c
bntseq.h    bwtaln.c    bwtsw2.h        kstring.c      QSufSort.h
bwa.1       bwtaln.h    bwtsw2_main.c   kstring.h      qualfa2fq.pl
bwa.c       bwt.c       bwtsw2_pair.c   ksw.c      README.md
bwa.h       bwtgap.c    ChangeLog       ksw.h      utils.c
bwa-helper.js   bwtgap.h    COPYING     kthread.c      utils.h
bwamem.c    bwt_gen.c   example.c       kvec.h     xa2multi.pl
bwamem_extra.c  bwt.h       fastmap.c       main.c
bwamem.h    bwtindex.c  is.c        Makefile
bwamem_pair.c   bwt_lite.c  kbtree.h        malloc_wrap.c
bwape.c     bwt_lite.h  khash.h     malloc_wrap.h
jp@jp-VirtualBox:~/bwa/bwa-0.7.9a$ make
gcc -c -g -Wall -Wno-unused-function -O2 -DHAVE_PTHREAD -DUSE_MALLOC_WRAPPERS  utils.c -o utils.o
utils.c:33:18: fatal error: zlib.h: No such file or directory
 #include <zlib.h>
              ^
compilation terminated.
make: *** [utils.o] Error 1
jp@jp-VirtualBox:~/bwa/bwa-0.7.9a$

我不知道如何处理这个错误。你们能提供一些关于需要做什么的见解吗？

我的第二个问题与康奈尔大学网站上提供的说明中的下一步有关。上面写道：

通过编辑 ~/.bashrc 并添加，将 bwa 添加到你的 PATH 中

export PATH=$PATH:/path/to/bwa-0.5.9"

我已将 .bashrc 放在我的主目录中（我可以在命令行中使用 ls -a 或在资源管理器中使用 ctrl+h 来查看它）。我不确定如何编辑文件以包含适当的代码行，即我是否只需将其粘贴到该文件中的任何位置？

我把他们的指示理解为我应该添加一些类似的东西

export PATH=$PATH:/home/jp/bwa/bwa-0.7.9a

但我不确定这是否正确。

我已经通过以下命令安装了更早的版本（0.5）。

get-apt install bwa

但是，我不想使用这个程序的过时版本。

如果你们能提供任何帮助我将非常感激。

谢谢，

主机操作系统：Windows 7 Home Premium（64 位）（Service Pack 1）
虚拟机软件：Oracle VirtualBox 版本 4.3.12
客户机操作系统：Ubuntu 14.02（32 位（我无法让 64 位运行）

答案1

看起来您缺少 ZLIB 头文件。

尝试：

sudo apt-get install zlib1g-dev

或者可能：

sudo apt-get install zlib-dev

第一个应该是正确的，但我没有 Ubuntu 机器可以测试它。

希望这能解决你的问题！

编辑
创建了一个 Ubuntu VM 并验证sudo apt-get install zlib1g-dev是正确的命令。

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