☰

如何通过 bash 循环使用 sed 处理读取两个输入文件？

tag-icon • tag-icon bash sed
如何通过 bash 循环使用 sed 处理读取两个输入文件？

bash 的初学者，我已经编写了一个小脚本，循环遍历所有 *.txt 文件并将 *.txt 作为 perl 脚本的输入进行处理。

单个文件作为输入

#!/bin/bash
set -e

for i in *.txt
do
  SAMPLE=$(echo ${i} | sed "s/.txt//") 
  echo ${SAMPLE}.txt

time /home/sunn/data/softwares/evaluation/msa/pal2nal.v14/pal2nal.pl ${SAMPLE}.txt -output paml > ${SAMPLE}.paml.txt
done

运行 perl 脚本的实际命令（2 个文件作为输入）

    pal2nal.pl  OG0012884_out.fa OG0012884_out.txt -output paml > OG0012884_paml.txt

两个文件作为输入？我被击中了..

#!/bin/bash
set -e

for i in *.txt 
do
  SAMPLE=$(echo ${i} | sed "s/.txt//" | "s/.fa//") 
  echo ${SAMPLE}.txt 

time /home/sunn/data/softwares/evaluation/msa/pal2nal.v14/pal2nal.pl ${SAMPLE}.fa ${SAMPLE}.txt -output paml > ${SAMPLE}.paml.txt
done

答案1

只需多次使用该变量即可。

您不需要调用sed，参数扩展也可以删除扩展名。

for txt in *_out.txt ; do
    sample=${txt%.txt}
    out=${sample%_out}
    pal2nal.pl "$sample".fa "$sample".txt -output paml > "$out"_paml.txt
done

您可以添加检查其他文件是否存在：

    if [[ ! -e $sample.fa ]] ; then
        echo "$sample.fa missing, skipped." >&2
        continue
    fi

相关内容