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一个 Bash 命令，用于遍历目录中的文件列表，查找重复的 1-9 号文件，并将它们连接成一个新文件

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一个 Bash 命令，用于遍历目录中的文件列表，查找重复的 1-9 号文件，并将它们连接成一个新文件

我有一个包含一堆文件的目录，例如：

ExperimentA_Rep1.bed
ExperimentA_Rep2.bed
ExperimentA_Rep3.bed
ExperimentB_Rep1.bed
ExperimentD_Rep1.bed
ExperimentC_Rep1.bed
ExperimentC_Rep2.bed
.
.
.
ExperimentZ_Rep5.bed

我需要扫描目录中的文件名，并将来自同一实验但不同重复的文件连接成一个新文件。

IE

cat ExperimentA_Rep1.bed ExperimentA_Rep2.bed > ExperimentA_merged.bed

如果实验只有 1 个重复，它不应该做任何事情。但我无法对此进行硬编码，它需要适用于任何实验数据集。

如果我运行一个 python 脚本那就没问题了。

答案1

尝试这个 shell 脚本：

for f in *Rep1.bed
do
    cat "${f%Rep1.bed}"*.bed >"$f.merged"
done

怎么运行的

示例中的每个实验都有一个以 结尾的文件Rep1.bed。要查找该实验中的所有文件，我们可以使用 glob ${f%Rep1.bed}"*.bed。然后，这些文件将连接到单个文件。每个实验都会重复此操作。

该表格${f%Rep1.bed}是后缀删除的示例。它获取变量f并从末尾删除符号后面的任何模式%。例如，让我们创建一个 shell 变量：

$ f=ExperimentC_Rep2.bed
$ echo "${f}"
ExperimentC_Rep2.bed

现在，让我们.bed从末尾删除：

$ echo "${f%.bed}"
ExperimentC_Rep2

或者，正如我们这里需要的那样，我们可以删除一个较长的字符串Rep2.bed：

$ echo "${f%Rep2.bed}"
ExperimentC_

上面剩下的是删除了副本编号的实验名称。我们可以使用它来选择与该实验名称关联的所有副本文件，方法是使用 glob"${f%Rep1.bed}"*.bed

作为一行

以交互方式运行代码时，有时将其作为一行运行会更容易。上面的代码作为一行运行，如下所示：

for f in *Rep1.bed; do cat "${f%Rep1.bed}"*.bed >"$f.merged"; done

仅为 2 个或更多复制体的实验制作合并文件

有些实验只有一个副本（*_Rep1.bed）。其他的则有多个：_Rep1.bed，_Rep2.bed，...如果我们只想选择具有两个或更多副本的文件，我们可以仅选择Rep2存在的文件：

for f in *Rep2.bed; do cat "${f%Rep2.bed}"*.bed >"$f.merged"; done

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