☰

在脚本开头设置环境变量（例如，$PATH）——不适用于所有程序

tag-icon • tag-icon linux bash unix java environment-variables
在脚本开头设置环境变量（例如，$PATH）——不适用于所有程序

我肯定忽略了一些东西，但我已经尝试了几种方法来让它发挥作用。

我在一台没有管理员权限的超级计算机上工作。我需要为某个程序使用特定的 Java 版本，但我不想将其设为所有程序的默认 Java。

采取的步骤：我下载了适当的 jre 并在脚本开头添加了以下几行：

export PATH="/path/to/jre/bin/:$PATH"
export JAVA_HOME="/path/to/jre"
echo $PATH
echo ""
echo $JAVA_HOME

当我在脚本中回显时，我得到了适当的路径，并且正如预期的那样，$PATH 和 $JAVA_HOME 在脚本完成后返回到原始值。问题是脚本中调用的程序没有使用我需要的 java（因此由于 java 版本不正确而失败）。如果我在运行脚本之前在 shell 中运行相同的导出命令，程序将按预期运行。

我也无法控制如何调用 java，因为我正在使用一个程序（PBcR）来调用一系列其他程序。这是我的脚本中唯一的调用：

/path/to/bin/PBcR \
-length 500 \
-partitions 200 \
-l lambda \
-s pacbio.spec \
-fastq pacbio.filtered_subreads.fastq \
genomeSize=50000

问题：

  1. 为什么脚本期间运行的所有程序都不使用我在脚本期间导出的 $PATH 和 $JAVA_HOME？
  2. 如何让脚本中调用的所有程序使用正确的环境变量？

我也尝试过将export命令放在单独的文件中并调用source该文件，但这似乎没有改变任何东西。

我非常感谢你的帮助。

在 CentOS 6.6 上运行；bash shell；

答案1

我不确定为什么它们不起作用，但这就是我的其中一台服务器上 jar 文件的调度方式：

/path/to/jre/bin/java -jar yourjavaprogram.jar

答案2

后来发现这是一个愚蠢的错误。我设置 $PATH 和 $JAVA_HOME 时使用的是~完整路径（例如，~/path/to/java而不是/path/to/java像我在原始问题中输入的那样）。我在发布原始问题时显然忽略了这个“小”细节。

在尝试调试这个问题时，我发现调用 java 的“程序”实际上是一个 perl 脚本，而 perl 无法~像bash预期的那样进行解析。

我感谢您的帮助。

相关内容