与 SGE_TASK_ID 并行

与 SGE_TASK_ID 并行

我有一段代码可以按我想要的方式工作,但效率很低。

for f in *.GeneSet; do
#Figure out the cell type by removing "Genes.GeneSet" from the end of the filename
  cell_type=${f%.GeneSet}

  # Process the file
  for i in `seq 1 22`; do
    python make_annot.py \
    --gene-set-file "$f" \
    --gene-coord-file  ENSG_coord.txt \
    --bimfile 1000G_EUR_Phase3_plink/1000G.EUR.QC.${i}.bim \
    --annot-file ${cell_type}.${i}.annot.gz
    done
done

这效果很好。除此之外,因为它是一个嵌套的 for 循环并且效率非常低。我想用来$SGE_TASK_ID独立运行每个迭代。我怎样才能实现这个目标?

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