我有一段代码可以按我想要的方式工作,但效率很低。
for f in *.GeneSet; do
#Figure out the cell type by removing "Genes.GeneSet" from the end of the filename
cell_type=${f%.GeneSet}
# Process the file
for i in `seq 1 22`; do
python make_annot.py \
--gene-set-file "$f" \
--gene-coord-file ENSG_coord.txt \
--bimfile 1000G_EUR_Phase3_plink/1000G.EUR.QC.${i}.bim \
--annot-file ${cell_type}.${i}.annot.gz
done
done
这效果很好。除此之外,因为它是一个嵌套的 for 循环并且效率非常低。我想用来$SGE_TASK_ID
独立运行每个迭代。我怎样才能实现这个目标?