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根据文本文件中的匹配情况，将 tar.gz 文件提取到具有不同基本名称的目录中

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根据文本文件中的匹配情况，将 tar.gz 文件提取到具有不同基本名称的目录中

我有数百个文件夹，有些包含 tar.gz 文件，有些包含 bam 文件。我只想将 tar.gz 文件提取到不同的目录中。包含 tar.gz 文件的文件夹如下所示：

d1017f74-3a39-4427-af57-273e34247b49
           ├──--- UNCID_2207021.7b9569bc-f513-4b64-9a7c-7bb53b9be79b.110801_UNC12-SN629_0115_BD0DVEABXX_3_ACAGTG.tar.gz
5e2d5c52-596f-49bc-967c-42129abbacbf
           ├──--- UNCID_2208720.71b58051-3bf8-4dfb-a431-c8aceab7c799.110608_UNC13-SN749_0073_BD0CV8ABXX_2.tar.gz
2ef74f93-5da2-454c-aca2-d86c289eacb8
           ├──--- UNCID_2206802.25be50e7-7705-492d-a44a-0e40180d10c8.110901_UNC12-SN629_0127_BC025UABXX_1_CTTGTA.tar.gz
e01ca3e0-beb0-46b7-bb7c-f5b16f966918
           ├──--- UNCID_2521679.d817dcee-1322-4949-a6e9-138447e6fc56.140417_UNC13-SN749_0343_BC41HBACXX_5_CTTGTA.tar.gz
992a7083-28ce-4857-898e-9d4b4fbf2fa1
           ├──--- UNCID_2319278.bf92b8cc-9a5c-4e96-917c-c264fe588f8d.131118_UNC12-SN629_0336_AC31D0ACXX_5_ACTTGA.tar.gz

为了将 tar.gz 文件提取到目标目录中，我使用了以下命令：

find /path/to/directory -name '*.tar.gz' -execdir tar -C /path/to/targetdirectory -xzvf '{}' \;

此命令为一些 tar.gz 文件输出 fastq 文件，其名称如下：

110801_UNC12-SN629_0115_BD0DVEABXX.3_1.fastq
110801_UNC12-SN629_0115_BD0DVEABXX.3_2.fastq

110608_UNC13-SN749_0073_BD0CV8ABXX.2_1.fastq
110608_UNC13-SN749_0073_BD0CV8ABXX.2_2.fastq

110901_UNC12-SN629_0127_BC025UABXX.1_1.fastq
110901_UNC12-SN629_0127_BC025UABXX.1_2.fastq

这不是我想要的。有一个文本文件，其中包含文件夹名称、tar.gz 文件名、示例名称，如下所示：

FolderNames                                         Tar.gz files                                                                                 SampleNames
d1017f74-3a39-4427-af57-273e34247b49    UNCID_2207021.7b9569bc-f513-4b64-9a7c-7bb53b9be79b.110801_UNC12-SN629_0115_BD0DVEABXX_3_ACAGTG.tar.gz   S-E9-A1NA-11A
5e2d5c52-596f-49bc-967c-42129abbacbf    UNCID_2208720.71b58051-3bf8-4dfb-a431-c8aceab7c799.110608_UNC13-SN749_0073_BD0CV8ABXX_2.tar.gz    S-AO-A12H-01A
2ef74f93-5da2-454c-aca2-d86c289eacb8    UNCID_2206802.25be50e7-7705-492d-a44a-0e40180d10c8.110901_UNC12-SN629_0127_BC025UABXX_1_CTTGTA.tar.gz   S-AC-A23E-01A
e01ca3e0-beb0-46b7-bb7c-f5b16f966918    UNCID_2521679.d817dcee-1322-4949-a6e9-138447e6fc56.140417_UNC13-SN749_0343_BC41HBACXX_5_CTTGTA.tar.gz   S-C8-A8HR-01A
992a7083-28ce-4857-898e-9d4b4fbf2fa1    UNCID_2319278.bf92b8cc-9a5c-4e96-917c-c264fe588f8d.131118_UNC12-SN629_0336_AC31D0ACXX_5_ACTTGA.tar.gz   S-A8-A08A-01A

输出应从文本文件中获取样本名称，如下所示：

S-E9-A1NA-11A.3_1.fastq
S-E9-A1NA-11A.3_2.fastq

S-AO-A12H-01A.2_1.fastq
S-AO-A12H-01A.2_2.fastq

S-AC-A23E-01A.1_1.fastq
S-AC-A23E-01A.1_2.fastq

S-C8-A8HR-01A.5_1.fastq
S-C8-A8HR-01A.5_2.fastq

S-A8-A08A-01A.5_1.fastq
S-A8-A08A-01A.5_2.fastq

答案1

那么是这样的吗？

while read -r folder tarfile sample; do
  find /path/to/directory/"$folder" -name "$tarfile" -execdir sh -c '
        tar -C /path/to/targetdirectory -xzvf "$0";
        for f in *.fastq; do
            mv "$f" "$1.${f#*.}";
        done' {} "$sample" \;
done <Foldernames

我不完全确定您find是否需要这里，但是您的说明并未揭示/path/to其子目录究竟指的是什么，所以我假设您知道您在那里做什么（或者如果不知道的话如何停止这样做）。

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