我试图在具有 16 个核心的 VPS 上同时执行两个进程，我希望每个作业都利用 8 个核心并最大化可用核心的数量。
所以我想我可以像这样执行两个单独的进程：
$ mpirun -np 8 pmemd.MPI -O -i input_proc1.in -o output_proc1.out
$ mpirun -np 8 pmemd.MPI -O -i input_proc2.in -o output_proc2.out
在我看来，这会将进程 1 放在核心 1-8 上，将进程 2 放在核心 9-16 上，但显然情况并非如此。检查htop输出显示这两个进程都挤满了核心 1-8，导致 8 个核心未被利用。
我在后台运行这些命令，将一系列mpirun命令放入两个单独文件夹中的文件中，并按如下方式运行每个命令：
$ nohup ./runscript.sh < /dev/null > /dev/null 2>&1 &
在我注销后让它们在后台运行，因为我需要运行的每一系列进程可能需要几天才能完成。
我认为您应该能够以某种方式为一项任务“保留”8 个核心（1-8），然后在启动下一个任务时，该任务应该被迫使用剩余的 8 个核心，尽管我尚未设法使用以下方法实现所需的行为--bind-to选项。我不确定这是否与系统是 OpenStack VPS 机器有关，或者只是我做得不对。
我在运行 Ubuntu 18.04.2 LTS 的 Ubuntu VPS 上使用 mpirun (Open MPI) 2.1.1。
任何有关实现所需行为的反馈或建议将不胜感激
此致
答案1
因此，在深入研究之后，我找到了问题的答案堆栈溢出。出于我的目的，我apt-get安装了以下hwloc命令来映射可用的内核lstopo -p，然后运行我的命令：
$ nohup mpirun --cpu-set 0-7 --bind-to core -np 8 pmemd.MPI [arguments]
$ nohup mpirun --cpu-set 8-15 --bind-to core -np 8 pmemd.MPI [arguments]
这成功地将第一个任务分配给前 8 个核心，将第二个任务分配给其余 8 个核心，充分利用了所有可用的 16 个核心。
我想我也会在这里发布答案，以防将来有人偶然发现这个问题。