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无法在IGoR（免疫组分析软件）中执行Python文件

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无法在IGoR（免疫组分析软件）中执行Python文件

最近，我一直在尝试学习如何使用伊戈拉免疫组分析软件。但我在解析输出文件时遇到了问题。作者提供了手册，但我无法实现该功能并得到结果。以下是手册链接和作者提供的关键字。也许作者很忙，他不能立即回复。

此计数器的输出是一个以分号分隔的值文件，每个字段对应一个事件实现、读取上的相关不匹配/错误/突变索引、场景等级、其相关概率和序列索引。可以在 pygor.counters.bestscenarios 子模块中找到用于解析最佳场景计数器输出的 Python 函数。

或者这是这个文件中的内容.py：

import copy

import pandas

from ...models.genmodel import GenModel
from ...utils import utils
def read_bestscenarios_values(scenarios_file, model_parms_file):
best_scenarios_df = read_bestscenarios_indices(filename=scenarios_file)
gen_model = GenModel(model_parms_file=model_parms_file)
return scenarios_indices2values(best_scenarios=best_scenarios_df,
                                input_genmodel=gen_model)

布拉拉拉拉！

我该如何使用该.py文件？非常感谢！

答案1

详细import语句及命令示例：

from pygor.counters.bestscenarios import bestscenarios

try:
    best_scenarios = bestscenarios.read_bestscenarios_values('/path/to/best_scenarios_counts.csv', '/path/to/model_parms.txt')
except Exception as err:
    print(err)
    exit()

print('\n')
print(best_scenarios)

笔记

  • 这是一个简单的示例文件，用于确保一切“正常”。我不知道这是否会产生理想的输出。

  • 上面的基本import陈述是（大约）例如from folder.folder.folder import python_file.py。

  • 这里使用的语法print()适用于 Python 3.x。块也是如此try/except。

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