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通过 SSH 激活 conda 环境

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通过 SSH 激活 conda 环境

我在 Azure 上有一个虚拟机，通过 ssh 连接后我可以运行 Conda 和 python：

conda activate py36
python some_script.py

要通过 SSH 从我的机器运行这些命令，我​​需要提供 Conda 的完整路径：

ssh ${USER}@${IP} "/data/anaconda/envs/py35/bin/conda activate py36; python some_script.py"

但我收到此错误：

CommandNotFoundError: Your shell has not been properly configured to use 'conda activate'.
To initialize your shell, run

    $ conda init <SHELL_NAME>

Currently supported shells are:
  - bash
  - fish
  - tcsh
  - xonsh
  - zsh
  - powershell

See 'conda init --help' for more information and options.

IMPORTANT: You may need to close and restart your shell after running 'conda init'.

然而，运行的 shell 是bash：

$ sshb ${USER}@${IP} echo $SHELL
/bin/bash

如何通过 SSH 远程激活 conda 环境？

答案1

编辑：在解决这个问题的过程中，我发现conda init创建了一个名为“conda”的函数，它会伪装 conda 可执行文件。请参阅type conda。这允许它在当前 shell 中设置环境变量。这很重要，因为它会导致问题。

当您通过 ssh 运行命令时，它不会运行设置此condabash 函数的 ~/.bashrc。

所以我给你的最终答案是

ssh ${USER}@${IP} ". ~/.bashrc ; conda activate py36; python some_script.py"

. ~/.bashrc如果您之前已经运行过，只需获取提供 conda 函数的 ~/.bashrc 即可conda init。

旧答案

我建议你用激活和python代码制作一个shell脚本

# job.sh
conda activate py36
python some_script.py

使其可运行chmod +x job.sh

然后使用以下命令远程运行：

ssh ${USER}@${IP} bash -l "<relative path to script on remote machine>"

bash -l使其成为一个登录 shell，它还允许您使用您的.bash_profile或，.bashrc这意味着您不需要提供完整路径。

如果你确实需要一个命令，请使用定界符。

ssh ${USER}@${IP} bash -l <<HERE
conda activate py36
python some_script.py
HERE

我也尝试了其他方法，但 bash 在命令分离过程中保留环境变化的方式似乎存在一些问题。Conda activate 设置了各种环境变量（以 CONDA 和 PATH 变量为前缀）。

答案2

无需指定“conda”的路径，我只需像这样指定“activate”的路径即可：

ssh [host] "source ~/anaconda3/bin/activate [name of conda env] ; cd [pick a dir] ; [command]"

对于 [命令]，请尝试“conda env list”以查看激活了哪个环境。或者您可以执行“python foo.py”。

您可能需要调整路径“~/anaconda3/bin/activate”。

答案3

从此拼凑起来问题我设法通过将这些行添加到我的来解决该问题.bashrc：

export -f conda 
export -f __conda_activate 
export -f __conda_reactivate 
export -f __conda_hashr 
export -f __add_sys_prefix_to_path 
eval "$(conda shell.bash hook)"

我不确定export该解决方案是否仍然需要 seval但它们没有破坏任何东西，所以我只是保留了它们。

编辑：同样重要的是要记住，任何conda以某种方式使用的脚本都需要运行bash并不是 sh。

答案4

这只是对@Maeve Kennedy 答案的补充。不要使用双引号，最好使用单引号，如下所示

ssh ${USER}@${IP} '. ~/.bashrc ; conda activate py36; python some_script.py'

它允许您在远程激活 conda 环境后执行任何 bash 命令。如下所示；

ssh ${USER}@${IP} '. ~/.bashrc ; conda activate py36; echo $CONDA_PATH'

使用双引号则不起作用。

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