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操作 shell 脚本

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操作 shell 脚本

我有一个 shell 脚本，它可以执行一些操作，例如将值存储在变量中。作为一个例子，这是我的脚本：

for i in ../../*.bam
do
        fn=$(basename $i)
        fn=${fn%_Aligned.sortedByCoord.out.bam}

        bamToBed -i $i | awk -v OFS="\t" '{if($6 ~ /+/){print $1,$2+67,$2+67+1,$4,$5,$6}else{print $1,$3-67-1,$3-67,$4,$5,$6}}' | awk -v OFS="\t" '$3 > 0' > ${fn}_pos.bed

        sortBed -g $genome -i ${fn}_pos.bed > ${fn}_n_pos.bed

        mv ${fn}_n_pos.bed ${fn}_pos.bed

        perl counter.pl ${fn}_pos.bed | sortBed -g $genome -i stdin | intersectBed -g $genome -sorted -a <(cat $genome | awk -v OFS="\t" '{print $1,"0",$2}') -b stdin -wa -wb | cut -f 4-7 > ${fn}.bedGraph

        bedGraphToBigWig ${fn}.bedGraph $genome ${fn}.bw

        a=`samtools view $i | wc -l`

        intersectBed -g $genome -sorted -c -a <(cat test.bed | awk -v OFS="\t" '{print $1,$2-50,$2+400,$4,$5,$6}') -b ${fn}_pos.bed | cut -f 4,7 | awk -v OFS="\t" '{print $1,$2,$a}'> ${fn}_IP_count.txt

        cat ${fn}_IP_count.txt | awk -v OFS="\t" '{print $1,$2,$a}' > final.txt
done

正如您在代码中看到的这一行，我在其中声明了一个变量a。这存储了一个数字。然后我创建了一个 2 列文本文件，以制表符分隔，${fn}_IP_count.txt 我想在此文件中添加第三列，其中第三列是存储在a每行变量中的值。例如，2 列文件如下所示：

gene1   200
gene2   23
gene3   45
gene4   10

假设变量 a 中存储的值是 245676，那么我希望输出像这样存储在第三列中

gene1   200 245676
gene2   23  245676
gene3   45  245676
gene4   10  245676

我尝试使用 awk 但没有得到正确的答案。任何帮助，将不胜感激。

答案1

您以与传递相同的方式传递其他变量OFS，使用-v

前任。

awk -v OFS="\t" -v a="$a" '{print $1,$2,a}'

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