答案1
如果 GPU 正在使用遗留中断由于某种原因，当 CPU 忙于处理该 IRQ 的其他中断处理程序时，可能会遭受高延迟。
你的主板用户手册指定 PCIE x16_1 插槽（顶部）与内部显卡、高清音频、USB 2.0（EHCI）和 PCI 2 插槽共享 IRQ 分配。
现代带有 PCIe 的主板应该暴露中断较新的系统，因此您的用户手册中出现此图表是意外的。
PCIE x16_2 有自己的 IRQ 分配，因此它不必与任何其他组件竞争来提高中断请求如果 GPU 在该插槽中表现更好，这可能是性能更好的原因。
但是，该插槽仅支持 PCIe 8x。
使用 PCIe 8x，您可以可能在某些占用大量带宽的程序中会降低性能。不过，这不会对大多数游戏的 FPS 产生重大影响。
答案2
在第二个插槽中运行 GPU 应该没有问题。也就是说，需要注意的是，在第二个插槽中运行任何 GPU 都意味着它只能获得 8 个 PCIe 通道带宽，而不是主插槽中的全部 16 个。但是，由于您的 GTX 960 是一款相对较旧且速度较慢的显卡，因此仅使用一半通道不太可能会以任何方式对其造成瓶颈。
如果您愿意投入时间和精力来实际追踪和解决问题，以便您可以将卡放回第一个插槽（如果您不愿意，我不会责怪您！），请做好进行一些挖掘的准备：
如果你的系统最近才开始出现问题，那么假设你没有改变任何东西（即更新 BIOS 或驱动程序），主板可能存在物理故障。另一方面，如果您尚未更新主板的 BIOS 或其驱动程序（尤其是芯片组和/或板载声卡），那么现在可能是时候这样做了。
也很有可能是 Windows 更新更改了某些内容，从而导致此问题。如果您能记得问题发生的大致时间，查看机器的 Windows 更新历史记录以了解当时的更新可能会有所帮助。作为最后的手段，如果您有备用的 SSD/HDD 和一些时间，您可以在该驱动器上安装一份全新的 Windows 副本，然后将 GPU 放回主插槽，看看它是否表现正常。如果是这样，您就知道您当前的 Windows 安装中出现了问题，重新安装可能会修复它。
答案3
与 Ian Kemp 的观点一致，我更倾向于怀疑干燥机和配置。当您更换插槽时，这通常会导致 Windows 判定它是另一个设备。
因此，通常的做法是完全删除所有图形驱动程序，然后重新安装，也许可以解决问题。如果是我，我会先尝试移除卡，然后device manager重新启动，让 Windows 再次安装它。然后重新安装驱动程序。
还安装主板供应商提供的所有最新驱动程序。
检查您的 BIOS 设置，如果可能的话，可以禁用集成显卡。如果您不了解 BIOS，也许重置为默认值会更有意义。
我怀疑主板硬件故障可能是原因。至少可能性很小。PCIe 通道是在设备和主板之间协商的，因此硬件问题更有可能导致根本无法看到设备。但谁知道呢。