bash 脚本查找使用“samtools”的多个输入文件的结果到新的输出 csv 文件

Question

我有与生物信息学相关的疑问。我有多个 bam 文件，从每个 bam 文件中我应该找出每个带有 id 的 bam 文件的映射读取数量，为此我有命令

$ samtools view -c -f 1 -F 12 HG00173.chrom11.ILLUMINA.bwa.FIN.low_coverage.20111114.bam

为此，我得到一些数字的输出，如 1222456。

我的要求是，我应该在 csv 文件中获取所有输入 bam 文件的输出，其中包含 2 列，并命名列 1) Bam-id ，列 2) No_of_mapped_reads。

Answer 1

也许是这样的：

parallel --tag samtools view -c -f 1 -F 12 ::: *.bam

如果这不是您想要的，请使用示例输入和示例输出更新您的问题。