我如何同时将这些 .vcf 文件转换为 txt

Question

我的文件夹中有 136 个 .vcf 文件；我想从它们中提取一些信息并将输出写入 .txt 文件，如下所示

[fi1d18@cyan01 snp]$ bcftools query -f '%CHROM\t%POS\t%REF\t%ALT[\t%ID]\n' file.vcf > file.txt

我正在手动一项一项地完成这项工作，但需要很长时间；有人可以帮助我编写任何脚本来对 Linux 中的所有文件执行此操作吗？

谢谢

Answer 1

转到包含文件的文件夹，然后循环浏览这些文件。用于"$f"输入和"${f%.*}.txt"输出文件名

${f%.*}将从文件名中去除扩展名（通过）。

for f in *.vcf; do
    bcftools query -f '%CHROM\t%POS\t%REF\t%ALT[\t%ID]\n' "$f" > "${f%.*}.txt"
done