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如何用python代码处理文件夹中的所有文件

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如何用python代码处理文件夹中的所有文件

我在 python 中有以下代码：

#/usr/bin/python

from Bio import SeqIO

count = SeqIO.convert(“genome1.gbk”, “genbank”, “genome1.fasta”, “fasta”)

print("Converted %i records" % count)

此代码将 genbank 文件“genome1.gbk”转换为 fasta 文件“genome1.fasta”。但现在我想用这段代码转换当前文件夹中的所有文件。当前文件夹中的所有文件都是 genbank 文件，我希望使用此代码将它们转换为 fasta 文件。我正在考虑使用通配符，但我不知道如何更改此代码。任何帮助表示赞赏

答案1

与Python的os.scandir特征：

#/usr/bin/python

from Bio import SeqIO
from os import scandir

with scandir() as it:
    for entry in it:
        if entry.name.endswith('.gbk') and entry.is_file():
            count = SeqIO.convert(entry.name, 'genbank', '{}.fasta'.format(entry.name[:-4]), 'fasta')
            print("Converted %i records" % count)

答案2

您可以按照以下代码操作：

import os 
from Bio import SeqIO

for filename in os.listdir('.'):
  if filename.endswith(".gbk"):
    count = SeqIO.convert(filename, “genbank”, "{}.fasta".format(entry.name[:-4]), “fasta”)
    print("Converted %i records" % count)

BR，
沙哈尔

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