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R 软件包无法安装在 conda R 环境中

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R 软件包无法安装在 conda R 环境中

我正在尝试将 R 包安装到 HPC 服务器上通过 conda 创建的 R 环境，我正在该服务器上进行一些生物信息学研究。我尝试运行常用的 R 命令（该命令可以工作并在本地 RStudio 安装中安装请求的包）：

install.packages("http://hartleys.github.io/QoRTs/QoRTs_LATEST.tar.gz", repos=NULL, type="source");

但是，当我尝试在 conda R 环境中运行相同的命令时，我不断收到错误：

-bash: syntax error near unexpected token `"http://hartleys.github.io/QoRTs/QoRTs_LATEST.tar.gzhttp://hartleys.github.io/QoRTs/QoRTs_LATEST.tar.gz"'

关于为什么 conda R 安装中不接受正常语法的任何想法，在这种情况下我应该使用什么语法来克服这个问题并通过 conda 在 unix 服务器上安装软件包？

答案1

正如 @steeldriver 在评论中提到的，您应该在尝试使用install.packages().激活 conda 环境后，只需conda activate r_env输入R命令提示符即可。之后，您的安装应该可以正常工作。工作流程：

  1. 打开终端并连接到 HPC 服务器。

  2. 使用激活您的 conda 环境conda activate r_env

  3. 使用打开 R 会话R

  4. 使用以下命令安装 R 包install.packages("http://hartleys.github.io/QoRTs/QoRTs_LATEST.tar.gz", repos=NULL, type="source")

  5. 像在本地 RStudio 中一样继续

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